Jokirapujen ja täplärapujen esiintymisen selvittäminen eDNA-menetelmällä

Abstract

Vaarantuneiden jokirapukantojen uhkana on vesistöihimme hyvin sopeutunut vieraslaji, täplärapu, ja sen kantama, erityisesti jokiravuille kohtalokas rapuruton muoto. Rapupopulaatioiden paikantaminen ja seuranta on perinteisesti perustunut paikallistietoon ja koeravustuksiin. Viime vuosien aikana ympäristö-DNA:n (eDNA) käyttöön perustuvat menetelmät ovat kehittyneet varteenotettavaksi vaihtoehdoksi perinteisten menetelmien rinnalle. eDNA-menetelmän avulla voidaan vesinäytteestä tunnistaa kohde-eliöt molekyylibiologisin menetelmin. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää, soveltuuko eDNA-menetelmä käytettäväksi rapupopulaatioiden havainnoinnissa suomalaisissa vesistöissä ja verrata saatuja tuloksia perinteisiin havainnointimenetelmiin. Valtaosassa kohteista mertapyynti ja eDNA tuottivat havaittujen lajien osalta saman tuloksen. Osassa kohteita kuitenkin havaittiin eDNA-menetelmällä viitteitä joki- ja täpläravuista, mutta niitä ei saatu mertapyynnissä saaliiksi. Lisäksi osassa kohteista havaittiin myös rapuruttoa aiheuttavan Aphanomyces astaci -sienen DNA:ta. Mertapyyntiin verrattuna eDNA-menetelmä on työmäärältään kevyempi ja rapuruton leviämisriski on menetelmää käytettäessä pienempi. On kuitenkin huomioitava, että mertapyynnillä saatavaa rapukannan tiheysarviota ei eDNA-menetelmän avulla kyetä luotettavasti tuottamaan. Kuitenkin eDNA-menetelmän käyttö yhdistettynä paikallistietämykseen on tehokas rapupopulaatioiden havainnointiin.

Locating and monitoring crayfish populations have traditionally been based on test trappings and citizen observations. Over the past years, methods based on the use of environmental DNA (eDNA) have evolved into a credible alternative alongside traditional methods. Using the molecular biological eDNA method it is possible to identify the presence of the target organisms in the sampled water bodies. The purpose of this study was to determine whether the eDNA method is suitable for identifying crayfish populations in Finnish waters and to compare the results obtained with traditional methods. In most study sites, test trappings and eDNA sampling produced the same result. However, from some of the sites the eDNA method indicated presence of crayfish, while trapping yielded no catch. In addition, the eDNA method detected also Aphanomyces astaci DNA in some sites. A. astaci is the causative agent of crayfish plague. Compared with trapping, eDNA sampling is lighter in a workload and there is a lower risk of spreading A. astaci. However, it should be noted that the population density estimate obtained by trapping cannot be reliably produced by eDNA. However, the use of eDNA combined with local knowledge is an effective method for observing crayfish populations.