Optimization of cyclic multiplex immunohistochemistry staining for fresh frozen brain tumor samples

Abstract

Mapping the tumor microenvironment provides essential information about cancer diagnosis, progression, and possible treatments. Glioblastoma is the most common primary malignant brain tumor where tumor heterogeneity together with the tumor microenvironment cause ineffectiveness of treatments and poor prognosis of the disease. For this reason, a comprehensive mapping of the glioblastoma microenvironment and better understanding of the role of immune cells are key to studying the biology of the disease and developing new treatments. The microenvironment of glioblastoma consists of different cancer cell subtypes, different types of neural cells, local and infiltrating immune cells, and vascular endothelial cells and pericytes. The aim of this thesis was to optimize multiplex fluorescent immunohistochemistry staining for fresh frozen brain tumor samples to map the tumor microenvironment. The goal was to create a staining protocol which covers markers to identify the main cell types: the marker CD45 used to quantify immune cell infiltration, the T-cell markers CD3, CD4 and CD8, the macrophage marker CD163, macrophage and dendritic cell marker CD11c, the TMEM119 marker for distinguishing microglia from the macrophages infiltrating the tumor area, the endothelial cell marker CD31 for identifying blood vessels, and the Ki67 marker for evaluating cell proliferation. The durability and behavior of fresh frozen tissue and of the tissue section was tested in different staining phases. After this fresh frozen human glioblastoma samples were used to optimize antibodies and staining order for the final protocol. An optimized staining protocol for fresh frozen samples enables characterization of the tumor microenvironment of brain tumors together with sequencing-based spatial tissue analysis.

Kasvaimen mikroympäristön kartoittaminen antaa olennaista tietoa syövän diagnoosista, etenemisestä sekä mahdollisista hoidoista. Glioblastooma on aivojen yleisin pahanlaatuinen primaarikasvain, jonka sisäinen heterogeenisyys yhdessä kasvaimen mikroympäristön kanssa vaikuttavat hoitojen tehoon sekä taudin huonoon ennusteeseen. Tästä syystä glioblastooman mikroympäristön kokonaisvaltainen kartoittaminen sekä immuunisolujen roolin parempi ymmärtäminen ovat avainasemassa taudin biologian tutkimisessa sekä uusien hoitojen kehittämisessä. Glioblastooman mikroympäristö koostuu maligneista astrosytoomasoluista, vähemmän erilaistuneista syövän kantasoluista, erilaisista hermosoluista, paikallisista ja tunkeutuvista immuunisoluista sekä verisuonten endoteelisoluista ja perisyyteistä. Tämän tutkielman tavoitteena oli optimoida fluoresoivaan immunohistokemiaan perustuva multiplex-värjäys tuoreille pakastetuille aivokasvainnäytteille tuumorimikroympäristön kartoittamiseksi. Tavoitteena oli luoda värjäysprotokolla kattamaan markkerit tärkeimpien solutyyppien kartoittamiseen, joihin kuuluvat esimerkiksi immuunisolujen infiltraation kvantifioimiseen käytettävä markkeri CD45, T-solumarkkerit CD3, CD4 ja CD8 makrofagimarkkeri CD163, dendriittisolumarkkeri CD11c, TMEM119-markkeri mikroglioiden erottamiseen kasvainalueelle tunkeutuvista makrofageista, endoteelisolumarkkeri CD31, sekä solujen lisääntymisen arviontiin markkeri Ki67. Optimointi aloitettiin hiiren aivonäytteillä, joiden avulla tutkittiin tuoreen pakastetun kudoksen käyttäytymistä sekä kudosleikkeen kestävyyttä eri värjäysvaiheissa. Tämän jälkeen siirryttiin käyttämään ihmisperäisiä tuoreita pakastettuja glioblastoomanäytteitä joiden avulla testattiin värjäystä vasta-ainepareilla ja lopulta koko värjäysprotokollaa peräkkäisillä värjäyksillä. Optimoitu värjäysprotokolla tuoreille pakastetuille näytteille mahdollistaa aivokasvainten tuumorimikroympäristön karakterisoinnin yhdessä sekvensointiin perustuvan spatiaalisen kudosanalyysin kanssa.