ESBL-positiivisen suolistobakteeriyhteisön karakterisointi ja koostaminen

Abstract

Bakteerien yleistynyt antibioottiresistenssi on vaarantanut antibioottien tehokkuuden bakteeri-infektioiden hoidossa. ESBL:t (Extended-Spectrum Beta- Lactamases) ovat entsyymejä, jotka antavat kantajabakteerilleen resistenssin useita terveydenhuollossa yleisesti käytettyjä beetalaktaamiantibiootteja vastaan. ESBL- geenit ovat useimmiten sijoittuneet liikkuviin plasmideihin, jolloin ne voivat levittää resistenssin yhteisön muihin bakteereihin. Vaikka osa ihmisistä kantaa ESBL-bakteereja suolistossaan oireettomasti, ne aiheuttavat lisääntyneen komplikaatioriskin tavanomaistenkin lääketieteellisten toimenpiteiden yhteydessä. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli koostaa ESBL-bakteeria suolistossaan kantavan potilaan suolistomikrobiomista synteettinen bakteeriyhteisö ESBL-plasmidien leviämisen tutkimista varten. Ulostenäytteistä eristettyjä bakteereja karakterisoitiin antibioottiresistenssiprofiilin, 16S rRNA– ja genomisekvensoinnin avulla. Lopullinen synteettinen yhteisö koostui viidestä bakteerista, joita olivat Enterococcus faecalis, Citrobacter freundii, Klebsiella sp. ja Comamonas kerstersii sekä ESBL-positiivinen Escherichia coli. Yhteisön stabiilisuutta tutkittiin seitsemän vuorokauden mittaisessa yhteiskasvatuksessa 16S rRNA sekvensoinnin avulla. C. kerstersii -bakteeria lukuun ottamatta kaikki bakteerilajit säilyivät yhteisössä. Konjugaatiokokeissa havaittiin, että ESBL-plasmidien siirtymistä tapahtui pienissä määrin E. coli (JM109(pSU19)) bakteerikantaan. Synteettistä yhteisöä voidaan tulevaisuudessa käyttää liikkuvien plasmidien tutkimiseen kontrolloiduissa olosuhteissa ja näin ollen paremmin ymmärtää suoliston ESBL-kantajuuden riskejä.

Antibiotic resistance in bacteria has compromised the effectiveness of antibiotics in treating bacterial infections. Extended-Spectrum Beta-Lactamases (ESBLs) are enzymes that confer multidrug resistance to several beta-lactam antibiotics commonly used in healthcare. ESBL genes are most often located in mobile plasmids, allowing them to spread to other bacteria in a bacterial community. Although some people carry ESBL bacteria in their gut asymptomatically, they may be in increased risk of complications during standard medical procedures. The aim of this study was to assemble a synthetic bacterial community from the intestinal microbiome of a patient carrying ESBL in their gut. This community can be used to study the spread of ESBL plasmids in a controlled system where interspecific bacterial interactions are present. Bacteria were isolated from fecal samples and characterized by their antibiotic resistance profile as well as their 16S rRNA and whole genome sequences. The final synthetic community consisted of five bacteria: Enterococcus faecalis, Citrobacter freundii, Klebsiella sp., Comamonas kerstersii and Escherichia coli, latter of which was ESBL positive. Community stability was studied in a seven-day co-culture by elucidating the community structure by 16S rRNA sequencing. All bacterial species survived in the community, except for C. kerstersii. Conjugation experiments showed that there was a small amount of transfer of ESBL plasmids into the E. coli (JM109 (pSU19)) bacterial strain. In the future, the synthetic community can be used to study mobile plasmids under controlled conditions and thus better understand the risks of intestinal ESBL carriage.