Show simple item record

dc.contributor.advisorLaajala, Mira
dc.contributor.advisorMarjomäki, Varpu
dc.contributor.authorAspelin, William
dc.date.accessioned2020-01-27T07:06:46Z
dc.date.available2020-01-27T07:06:46Z
dc.date.issued2019
dc.identifier.urihttps://jyx.jyu.fi/handle/123456789/67530
dc.description.abstractIsäntäsolut ovat kehittäneet useita keinoja tunnistaa viruksia ja estää niiden lisääntyminen. Yksi näistä keinoista on translaatioon vaadittavan tukiproteiini eukaryotic intiation factor 2:n (eIF2) fosforylaatio, joka estää translaation tehokkaasti. Kaksijuosteisesta RNA:a (dsRNA) aktivoituva protein kinase dsRNA-dependent-proteiini (PKR) on eIF2 kinaasi, joka itsefosforyloituu aktivoituessaan. Sekä PKR:N että eIF2:n fosforylaatio yhdistetään usein antiviraaliseen soluviestintään. Echovirus 1 (EV1) kuuluu enterovirusten B-alaryhmään, jonka jäsenistä useat on yhdistetty tyypin 1 diabeteksen puhkeamiseen sille altistuneissa lapsissa. Se tunkeutuu isäntäsoluihin endosominkaltaisissa rakkuloissa ja vapauttaa genominsa proteiinikuoresta näissä rakkuloissa. Ei ole täysin varmaa miten EV1 genomi pääsee rakkulakalvon läpi solulimaan, jossa translaatio ja replikaatio tapahtuvat. Tässä työssä osoitamme, että EV1-infektoituihin soluihin transfektoidut virusgenomille komplementaariset oligonukleotidikoettimet aktivoivat PKR:n fosforylaatiota muodostaessaan kompleksin virusgenomin kanssa solulimassa. Tätä fosforylaatiota voi käyttää osoittamaan, että EV1 genomi on vapautunut endosomirakkulasta solulimaan, mikä tapahtui A549 soluissa noin 2,5−3,5 tuntia infektion jälkeen. Pidemmälle kehitettynä tämä uusi metodi voi tulevaisuudessa auttaa selvittämään, miten EV1:n genomi vapautuu endosomista, löytämään siihen liittyviä proteiineja sekä kehittämään lääkkeitä ja rokotteita EV1:ä vastaan.fi
dc.description.abstractPathogens may trigger various antiviral responses in eukaryotic cells. One such response is preventing viral translation by eukaryotic initiation factor 2 (eIF2) phosphorylation. Protein kinase double-stranded RNA-dependent (PKR) is an eIF2 kinase activated by phosphorylation after exposure to double-stranded RNA (dsRNA). Though they act as hub elements for several stress signalling pathways, PKR and eIF2 phosphorylation is strongly associated with antiviral responses. Echovirus 1 (EV1) belongs to the enterovirus subgroup B, many members of which have been implicated in the development of type 1 diabetes in individuals exposed to the virus as infants, sparking interest in their biology and the development of drugs and vaccines. The major entry route of EV1 is via endosomal-like vesicles in which the uncoating of the genome occurs. How and when echoviral genomes cross this membrane barrier to the cytoplasm is not well known. Here we demonstrate that the phosphorylation of PKR can be induced by dsRNA composed of released EV1 genomes and transfected oligonucleotide probes. Furthermore, this phosphorylation can be detected by Western blot and used to demonstrate that echovirus 1 genomes cross the endosomal membrane barrier approximately 2.5−3.5 hours post-infection in A549 cells. If developed further, this new method may help characterise the mechanism of endosomal egress and any proteins involved as well as provide a tool for anti-echoviral drug and vaccine development.en
dc.format.extent47
dc.language.isoen
dc.subject.othereIF2
dc.subject.otherkinase
dc.subject.otheroligonucleotide
dc.subject.otherstress
dc.subject.othertimeline
dc.subject.othertranslation
dc.titlePKR phosphorylation as an Indicator for echovirus 1 genome egress from endosomes
dc.identifier.urnURN:NBN:fi:jyu-202001271794
dc.type.ontasotMaster’s thesisen
dc.type.ontasotPro gradu -tutkielmafi
dc.contributor.tiedekuntaMatemaattis-luonnontieteellinen tiedekuntafi
dc.contributor.tiedekuntaFaculty of Sciencesen
dc.contributor.laitosBio- ja ympäristötieteiden laitosfi
dc.contributor.laitosDepartment of Biological and Environmental Scienceen
dc.contributor.yliopistoJyväskylän yliopistofi
dc.contributor.yliopistoUniversity of Jyväskyläen
dc.contributor.oppiaineSolu- ja molekyylibiologiafi
dc.contributor.oppiaineCell and molecular biologyen
dc.rights.copyrightJulkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.fi
dc.rights.copyrightThis publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.en
dc.contributor.oppiainekoodi4013
dc.subject.ysovirukset
dc.subject.ysoRNA
dc.subject.ysoperimä
dc.subject.ysomolekyylibiologia
dc.subject.ysosolubiologia
dc.subject.ysoproteiinit
dc.subject.ysoinfektiot
dc.subject.ysofosforylaatio
dc.subject.ysoviruses
dc.subject.ysoRNA
dc.subject.ysogenome
dc.subject.ysomolecular biology
dc.subject.ysocell biology
dc.subject.ysoproteins
dc.subject.ysoinfections
dc.subject.ysophosphorylation


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record