Show simple item record

dc.contributor.advisorKuopio, Teijo
dc.contributor.advisorAhtiainen, Maarit
dc.contributor.authorTynkkynen, Niko
dc.date.accessioned2021-05-21T04:41:01Z
dc.date.available2021-05-21T04:41:01Z
dc.date.issued2020
dc.identifier.urihttps://jyx.jyu.fi/handle/123456789/75830
dc.description.abstractKeuhkosyöpä on maailman yleisin syöpäkuolemien aiheuttaja. Histologisesti se jaetaan pienisoluiseen (15 %) ja ei-pienisoluiseen (85 %) keuhkosyöpään (engl. non-small cell lung cancer, NSCLC). ROS1-geenin uudelleenjärjestäytymät ovat harvinaisia NSCLC:ssä (1–2 %), mutta tärkeitä tunnistaa kohdennettua hoitoa varten. Immunohistokemia (IHK) ja fluoresenssi in situ hybridisaatio (FISH) ovat yleisiä menetelmiä tutkittaessa ROS1-uudelleenjärjestäytymiä. Potilaat, joilla ei ole ROS1-uudelleenjärjestäytymiä, voidaan sulkea pois IHK-seulonnalla. FISH:ta tarvitaan positiivisten IHK-tulosten varmistuksessa. Tavoitteena oli selvittää ROS1-uudelleenjärjestäytymien esiintyvyys suomalaisessa NSCLC-aineistossa ja verrata IHK:aa ja FISH:ta ROS1-analytiikassa. Monikudosblokit koostuivat 578 leikattujen potilaiden kasvainnäytteistä (319 adenokarsinoomaa, 235 levyepiteelikarsinoomaa, 24 tarkemmin määrittelemätöntä NSCLC:ää), jotka saatiin kahdesta suomalaisesta biopankista. Formaliinilla fiksoidut ja parafiiniin valetut leikkeet värjättiin ROS1-vasta-aineella. IHK:n tulos oli negatiivinen 548 (94,81 %), positiivinen kahdessa näytteessä (0,35 %) ja epäselvä 28 (4,84 %) näytteessä. Positiiviset IHK-tulokset olivat positiivisia FISH:ssa tai toisen sukupolven sekvensoinnissa ja epäselvät IHK-tulokset olivat negatiivisia FISH:ssa. ROS1-uudelleenjärjestäytymien esiintyvyys oli odotettua pienempi (0,35 %, adenokarsinoomissa 0,63). ROS1-IHK:n herkkyys (100 %) ja tarkkuus (96 %) vastasivat hyvin aiempia tuloksia. Vain muutamat IHK-näytteet näyttävät tarvitsevan FISH-varmistuksen.fi
dc.description.abstractLung cancer is the leading cause of cancer death worldwide. Histologically, it is divided into small cell (15 %) and non-small cell (85 %) lung cancer (NSCLC). Rearrangements of ROS1 gene are rare (1–2 % of NSCLC), but essential to recognize for targeted therapy. Two common methods to examine ROS1 rearrangements are immunohistochemistry (IHC) and fluorescence in situ hybridization (FISH). The patients without ROS1 rearrangements can be ruled out by IHC screening. FISH is needed to confirm positive IHC results. This study aimed to examine the prevalence of ROS1 rearrangements among a Finnish NSCLC material and to compare IHC and FISH in ROS1 analysis. Tissue microarrays of 578 samples (319 adenocarcinomas, 235 squamous cell carcinomas and 24 NSCLC-not otherwise specified) were obtained from two Finnish biobanks. Only surgically operated patients were included in the material. Formalin fixed and paraffin embedded sections were stained using a ROS1 antibody. IHC was negative in 548 (94.81 %), positive in 2 (0.35 %) and equivocal in 28 (4.84 %) samples. The IHC positive samples were positive in FISH or NGS and equivocal samples were negative in FISH. The prevalence of ROS1 rearrangements was 0.35 % (0.63 % among adenocarcinomas) being less than expected. The sensitivity and specificity of ROS1 IHC were 100 % and 96 % corresponding well with previous results. Only few IHC samples seems to need FISH confirmation.en
dc.format.extent50
dc.language.isoen
dc.subject.othermolecular diagnostics
dc.subject.othertyrosine kinase
dc.titleROS1 gene rearrangements in non-small cell lung cancer : immunohistochemistry and fluorescence in situ hybridization
dc.identifier.urnURN:NBN:fi:jyu-202105213091
dc.type.ontasotMaster’s thesisen
dc.type.ontasotPro gradu -tutkielmafi
dc.contributor.tiedekuntaMatemaattis-luonnontieteellinen tiedekuntafi
dc.contributor.tiedekuntaFaculty of Sciencesen
dc.contributor.laitosBio- ja ympäristötieteiden laitosfi
dc.contributor.laitosDepartment of Biological and Environmental Scienceen
dc.contributor.yliopistoJyväskylän yliopistofi
dc.contributor.yliopistoUniversity of Jyväskyläen
dc.contributor.oppiaineSolu- ja molekyylibiologiafi
dc.contributor.oppiaineCell and molecular biologyen
dc.rights.copyrightJulkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.fi
dc.rights.copyrightThis publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.en
dc.contributor.oppiainekoodi4013
dc.subject.ysotranslokaatio
dc.subject.ysosyöpätaudit
dc.subject.ysokeuhkosyöpä
dc.subject.ysogeenit
dc.subject.ysoadenokarsinooma
dc.subject.ysosyöpäsolut
dc.subject.ysookasolusyöpä
dc.subject.ysoimmunohistokemia
dc.subject.ysohistologia
dc.subject.ysotranslocation (genetics)
dc.subject.ysocancerous diseases
dc.subject.ysopulmonary cancer
dc.subject.ysogenes
dc.subject.ysoadenocarcinoma
dc.subject.ysocancer cells
dc.subject.ysosquamous cell carcinoma
dc.subject.ysoimmunohistochemistry
dc.subject.ysohistology
dc.rights.accessrightsTekijä ei ole antanut lupaa avoimeen julkaisuun, joten aineisto on luettavissa vain Jyväskylän yliopiston kirjaston arkistotyösemalta. Ks. https://kirjasto.jyu.fi/kokoelmat/arkistotyoasema..fi
dc.rights.accessrightsThe author has not given permission to make the work publicly available electronically. Therefore the material can be read only at the archival workstation at Jyväskylä University Library (https://kirjasto.jyu.fi/collections/archival-workstation).en


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record