Näytä suppeat kuvailutiedot

dc.contributor.advisorIhalainen, Janne
dc.contributor.advisorIjäs, Heini
dc.contributor.authorKettunen, Iida
dc.date.accessioned2020-07-28T06:50:45Z
dc.date.available2020-07-28T06:50:45Z
dc.date.issued2020
dc.identifier.urihttps://jyx.jyu.fi/handle/123456789/71255
dc.description.abstractDNA-nanoteknologiassa on kehitetty paljon erilaisia DNA-origamiteknologiaa hyödyntäviä nanokoneita viime vuosikymmenien aikana. Kuitenkaan punavalo-ohjattavia DNA-koneita, joita voitaisiin soveltaa biologisiin käyttökohteisiin, ei ole valmistettu. Tätä varten DNA-koneet pitäisi funktionalisoida punavaloa aistivilla molekyyleillä. Fytokromit ovat punaista ja pitkäaaltoista punaista valoa aistivia valoreseptoreita, joita tavataan luonnossa kasveilla, bakteereilla, sienillä ja levillä. Valoaistimuksen seurauksena ne muuttavat konformaatiotaan kahden eri tilan välillä. Jotkin fytokromit, kuten Agrobacterium fytokromi 1 (Agp1), muuttavat myös kvaternäärirakennettaan valon seurauksena. Tämän työn tavoite oli valmistaa Agp1-DNA-konjugaatteja ja karakterisoida niiden toiminnallisuutta, jotta niitä voitaisiin hyödyntää punavalokontrolloitavien DNA-koneiden komponentteina. Agp1:stä suunniteltiin ja tuotettiin kaksi pintakysteiineillä varusteltua mutanttia (E379C ja D367C), jotka konjugoitiin DNA-oligonukleotidien kanssa käyttäen dibentso-oktyyli-maleimidia verkkosidoksena. Konjugaattien valokonversiota karakterisoitiin ultravioletti- ja näkyvän valon spektroskopialla ja kvaternäärirakennetta kokoerottelukromatografialla. DNA:n kiinnittäminen ei häirinnyt fytokromien valokonversiota ja Agp1 osoitti merkkejä punavaloriippuvaisesta dimerisaatiosta. E379C-mutantti muodosti huomattavasti enemmän konjugaatteja ja oli siten parempi vaihtoehto DNA-nanokoneille. Tämä työ osoitti, kuinka fytokromeja voidaan muokata, jotta niitä voitaisiin käyttää dynaamisina kytkiminä DNA-nanoteknologian sovelluksissa mahdollistaen uudenlaisten, reversiibelien ja punavalo-ohjattavien DNA-koneiden kehittämisen.fi
dc.description.abstractDNA nanotechnology has boosted during the past few decades developing a broad range of nanodevices that exploit DNA origami. However, red light-controllable DNA devices that could allow controllability in biological environments have not yet been demonstrated. For this, DNA nanostructures should be functionalized with red light-responding molecules. Phytochromes are red and far-red light-sensing photoreceptors that are naturally encountered with plants, bacteria, fungi and algae. They convert between two conformational states in response to red light illumination. Some phytochromes, such as Agrobacterium phytochrome 1 (Agp1), additionally change their quaternary structure in red light-dependent manner. The aim of this thesis was to conjugate Agp1 with DNA oligonucleotides, and characterize their functionality for their use in red light-controllable DNA nanodevices. Two Agp1 mutants with surface cysteines (E379C and D367C) were produced and conjugated with DNA oligonucleotides using dibenzocyclooctyl-maleimide as a crosslinker. The photoconversion of the conjugates was characterized with ultraviolet-visible light spectroscopy, and the red light-induced dimerization was studied with size exclusion chromatography. These experiments revealed that the photoconversion was unaffected by the DNA attachment, and suggested Agp1 dimerization in consequence to red light stimuli. The E379C mutant was a better candidate for DNA nanodevices, as it had a significantly higher conjugation yield. This study demonstrated how phytochromes can be modified in order to use them as dynamic switches for DNA nanodevices, and thus enabling the preparation of novel, reversible and red light-controllable DNA machines.en
dc.format.extent68
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.language.isoen
dc.subject.otherAgp1
dc.subject.otherprotein-DNA conjugation
dc.subject.otherquaternary structure
dc.subject.othersize exclusion chromatography
dc.titleRed light-sensing phytochrome-DNA conjugates for nanotechnology applications
dc.identifier.urnURN:NBN:fi:jyu-202007285404
dc.type.ontasotPro gradu -tutkielmafi
dc.type.ontasotMaster’s thesisen
dc.contributor.tiedekuntaMatemaattis-luonnontieteellinen tiedekuntafi
dc.contributor.tiedekuntaFaculty of Sciencesen
dc.contributor.laitosBio- ja ympäristötieteiden laitosfi
dc.contributor.laitosDepartment of Biological and Environmental Scienceen
dc.contributor.yliopistoJyväskylän yliopistofi
dc.contributor.yliopistoUniversity of Jyväskyläen
dc.contributor.oppiaineSolu- ja molekyylibiologiafi
dc.contributor.oppiaineCell and molecular biologyen
dc.rights.copyrightJulkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.fi
dc.rights.copyrightThis publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.en
dc.type.publicationmasterThesis
dc.contributor.oppiainekoodi4013
dc.subject.ysokromatografia
dc.subject.ysonanotekniikka
dc.subject.ysochromatography
dc.subject.ysonanotechnology
dc.format.contentfulltext
dc.rights.accessrightsTekijä ei ole antanut lupaa avoimeen julkaisuun, joten aineisto on luettavissa vain Jyväskylän yliopiston kirjaston arkistotyösemalta. Ks. https://kirjasto.jyu.fi/fi/tyoskentelytilat/laitteet-ja-tilat..fi
dc.rights.accessrightsThe author has not given permission to make the work publicly available electronically. Therefore the material can be read only at the archival workstation at Jyväskylä University Library (https://kirjasto.jyu.fi/en/workspaces/facilities).en
dc.type.okmG2


Aineistoon kuuluvat tiedostot

Thumbnail

Aineisto kuuluu seuraaviin kokoelmiin

Näytä suppeat kuvailutiedot