Show simple item record

dc.contributor.advisorMarjomäki, Varpu
dc.contributor.authorSalmikangas, Sami
dc.date.accessioned2020-07-21T05:48:54Z
dc.date.available2020-07-21T05:48:54Z
dc.date.issued2020
dc.identifier.urihttps://jyx.jyu.fi/handle/123456789/71206
dc.description.abstractEnterovirukset ovat pieniä vaipattomia viruksia, joilla on positiivinen RNAgenomi. Ihmisille infektiivisiä enteroviruksia tunnetaan yli sata erilaista, ja ne voivat aiheuttaa monia tauteja normaalista flunssasta sydänlihastulehdukseen ja aivokalvontulehdukseen. Enterovirusten elämänkierto tunnetaan melko hyvin, mutta riittämättömien menetelmien takia niiden positiivisen RNA-genomin sekä negatiivisten RNA-juosteiden jakaumaa ja määrää solussa infektion aikana ei tunneta juurikaan. Viruslääkkeitä voitaisiin suunnitella estämään mitä tahansa viruksen elämänkierron vaihetta, mutta tätä varten tarvitaan uusia tekniikoita tutkia RNA-juosteita infektion aikana. Tässä tutkimuksessa kehitimme branched DNA in-situ fluoresenssi hybridisaatioon perustuvan uuden protokollan, ja käytimme tätä metodia käänteistranskriptio – kvantitatiivisen PCR:n ohella enterovirusten RNA-juosteiden jakauman ja määrän tutkimiseen infektion aikana. Tulostemme mukaan viruksen positiivisen-, negatiivisen- sekä kaksoisjuosteisen RNA:n määrä on lähes olematon ennen kolmea tuntia infektion jälkeen, ja niiden määrä kasvaa huomattavasti 4-5 tuntiin infektion jälkeen. Positiivinen RNA on jakautunut solun ulkoreunoille, kun taas negatiivinen ja kaksoisjuosteinen RNA on lähempänä solun tumaa. RNA juosteet eivät lokalisoidu viruksen kapsidin tai solun tuman kanssa. Testasimme myös kolmen eri viruslääkkeen vaikutusta RNAjuosteiden määrään ja jakaumaan solussa, ja tulostemme mukaan kaikki lääkkeet estivät virusinfektion ja viruksen RNA-synteesin lähes kokonaan. Nämä tulokset, kehittämämme protokollan ohella, auttavat tutkimaan enterovirusten elämänkiertoa tehokkaammin ja kehittämään uusia mahdollisia viruslääkkeitä.fi
dc.description.abstractEnteroviruses are small, non-enveloped viruses with a positive-sense RNA genome. Over a hundred different serotypes of enteroviruses can infect humans, and they can cause a wide range of diseases from common colds to encephalitis and myocarditis. The life cycle of enteroviruses is relatively well known, but the distribution of the positive RNA genome and its complementary negative RNA strands during an infection are unknown, mostly due to lacking techniques. Certain antiviral drugs could target this step of the life cycle, inhibiting the synthesis of the negative strand and stopping the infection, but to study this in more detail, new methods are required to visualise the viral RNAs effectively. In this study, we developed a protocol to study the enterovirus RNAs using branched DNA fluorescence in-situ hybridization. With this method, along with reverse transcription quantitative PCR, we studied the distribution and the amounts of enterovirus RNAs during an infection in vitro. The results indicate that the amounts of positive-, negative- and double stranded RNAs are negligible before 3 hours post-infection, and gradually rise after 4-5 hours postinfection. The positive RNA is located peripherally in the cell with the negative RNA and double stranded RNA being located more centrally. Furthermore, the RNA molecules reside in different locations than the viral capsid proteins and the cell nuclei. We also tested the effect of three different antiviral drugs on the distribution and amounts of viral RNAs, and the results show that all tested molecules effectively inhibit the infection and the appearance of viral RNAs. These results, along with the branched DNA protocol we established, will be useful in more efficiently studying the life cycle of enteroviruses and in the development of antiviral drugs.en
dc.format.extent48
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.language.isoen
dc.subject.otheramplification
dc.subject.otherantiviral drugs
dc.subject.otherbranched DNA
dc.subject.otherconfocal microscopy
dc.subject.otherin-situ hybridization
dc.titleCellular distribution and amounts of positive and negative RNA strands of enterovirus during an infection in vitro
dc.identifier.urnURN:NBN:fi:jyu-202007215361
dc.type.ontasotPro gradu -tutkielmafi
dc.type.ontasotMaster’s thesisen
dc.contributor.tiedekuntaMatemaattis-luonnontieteellinen tiedekuntafi
dc.contributor.tiedekuntaFaculty of Sciencesen
dc.contributor.laitosBio- ja ympäristötieteiden laitosfi
dc.contributor.laitosDepartment of Biological and Environmental Scienceen
dc.contributor.yliopistoJyväskylän yliopistofi
dc.contributor.yliopistoUniversity of Jyväskyläen
dc.contributor.oppiaineSolu- ja molekyylibiologiafi
dc.contributor.oppiaineCell and molecular biologyen
dc.rights.copyrightJulkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.fi
dc.rights.copyrightThis publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.en
dc.type.publicationmasterThesis
dc.contributor.oppiainekoodi4013
dc.subject.ysoreplikaatio
dc.subject.ysofluoresenssi
dc.subject.ysoenterovirukset
dc.subject.ysoRNA
dc.subject.ysoreplication (biology)
dc.subject.ysofluorescence
dc.subject.ysoenteroviruses
dc.subject.ysoRNA
dc.format.contentfulltext
dc.type.okmG2


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record