Klassisten ja mallipohjaisten ordinaatiomenetelmien vertailu mikrobiaineistojen analysoinnissa
Authors
Date
2024Copyright
This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Mikrobiaineistot ovat ekologisia runsausaineistoja, jotka sisältävät tietoa biologisten näytteiden mikrobiomeista. Mikrobiaineistojen analysointi on usein haastavaa, sillä aineistot ovat lähes aina suuriulotteisia. Muita mikrobiaineistoille tyypillisiä piirteitä ovat harvuus ja ylihajonta. Suuriulotteisuudesta johtuen mikrobiaineistojen tutkimiseen on usein käytetty ulottuvuuksia vähentäviä ordinaatiomenetelmiä. Ordinaatiomenetelmien avulla moniulotteisen aineiston sisältämä tieto voidaan esittää kahdessa ulottuvuudessa.
Tässä tutkielmassa on tavoitteena vertailla kahta mallipohjaista menetelmää – kopula-ordinaatiomenetelmää ja yleistettyä lineaarista latenttimuuttujamenetelmää – klassisiin ordinaatiomenetelmiin kuten pääkomponenttianalyysiin ja ei-metriseen moniulotteiseen skaalaukseen. Menetelmien vertailu tehtiin simulointikokeiden avulla, joissa aineistoja generoitiin eri menetelmillä. Simuloitujen aineistojen mallina käytettiin oikeaa, Ukrainan Tšernobylin alueelta kerättyä aineistoa. Alueelta pyydystettiin metsämyyriä, joiden suolten mikrobiomeja mitattiin sekvensointimenetelmällä. Aineiston myyrät oli pyydystetty neljästä eri kohteesta, joista kaksi oli säteilyn saastuttamia ja kaksi saastumattomia.
Simulointikokeiden tulokset eivät antaneet yksiselitteistä vastausta siihen, mitkä ordinaatiomenetelmät toimivat parhaiten mikrobiaineistojen analysoimiseen. Eri menetelmät tulkitsevat aineiston sisältämän informaation eri tavoin, joten aineiston generointitapa vaikuttaa siihen, miten hyvin kukin menetelmä toimii. Tulokset osoittivat, että jakaumaperheen tai muunnoksen valinnalla – riippuen menetelmästä – on merkitystä menetelmän toimivuuden kannalta.
...
![showless](/themes/JYX2//images/showless.png)
![showmore](/themes/JYX2//images/showmore.png)
Keywords
Metadata
Show full item recordCollections
- Pro gradu -tutkielmat [29026]
Related items
Showing items with similar title or keywords.
-
Monte Carlo -simulaatioiden käyttö rekyylispektrometrimittausten analysoinnissa
Heiskanen, Jouni (2010) -
Spatiaalisen ikkunoinnin ja sokean signaalinerottelun menetelmien hyödyntäminen MEG-aineiston analysoinnissa
Hakala, Karita (2018)Sokean signaalinerottelun menetelmät ovat käyttökelpoisia magnetoenkefalografilla mitattujen aivomagneettikäyrien analysoinnissa. Sokean signaalinerottelun menetelmien avulla voidaan selvittää, mistä aivoaktivaatio on ... -
Fitting Generalized Linear Latent Variable Models using the method of Extended Variational Approximation
Korhonen, Pekka (2020)Yhteisöekologian alalla tutkijat ovat usein kiinnostuneita yhden tai useamman kasvi- tai eläinlajin välisistä esiintyvyyssuhteista eri mittauspaikoilla tai ekosysteemeissä. Tämänkaltaiset tutkimuskysymykset johtavat ... -
Pisteprosessin parikorrelaation tehostettu estimointi
Sirkiä, Seija (2003) -
C-reaktiivisen proteiinin määrän bayesiläinen ennustaminen Tobit-mallilla
Manninen, Tuomas (2011)