SARS-CoV-2-virus Jyväskylässä jätevesiseurannan perusteella
Päivämäärä
2022Tekijänoikeudet
Julkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.
Maaliskuusta 2020 lähtien SARS-CoV-2-virus on ollut osana jokaisen ihmisen
arkipäivää. Pandemian aikana virus on muuntunut uusiksi virusvarianteiksi,
jotka ovat vuorollaan olleet aikansa valtavariantteja. Pandemian etenemistä on
seurattu monilla menetelmillä. Yhdeksi lupaavaksi seurantamenetelmäksi on
osoittautunut jätevesiseuranta. Tutkimusten mukaan SARS-CoV-2-infektion
saaneet henkilöt erittävät virus-RNA:ta ulosteeseensa ja tämä päätyy jätevesiin.
Tällöin tutkimalla jätevesien virus-RNA:n määrää voidaan seurata infektioiden
määrää väestössä. Tässä kandidaatin tutkielmassa tutkitaan jätevesien
sisältämää SARS-CoV-2-viruksen määrää Jyväskylän jätevedessä ja lisäksi
positiivisia SARS-CoV-2-nenänielunäytteitä. Jätevesinäytteistä tutkittiin SARS CoV-2-positiivisuus ja näytteistä sekvensoitiin yksi Ion Torrent -menetelmällä.
Potilasnäytteitä oli eri aikapisteistä ja niiden perusteella selvitettiin, mitä
virusvariantteja Jyväskylässä on esiintynyt pandemian aikana. Potilasnäytteet
sekvensoitiin Sanger-sekvensoinnilla. Jätevesinäytteiden SARS-CoV-2-
osoituksen myötä saatiin selville Cq-arvo, joka voidaan muuntaa viruskopioiden
määräksi jätevedessä muunnoskaavaa hyödyntäen. Tähän tietoon yhdistettiin
Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen (THL) COVID-19-pandemia dataa ja
jätevesipuhdistamon virtaamatietoja. Lineaarinen sekamalli rakennettiin
ennustamaan viruskopioiden määrää jätevedessä ja tämän mallin ennustajiksi
valikoitiin mitattu fluoresenssi qPCR-osoituksessa, tehohoidossa olleet potilaat
COVID-19 kanssa ja takia ja SARS-CoV-2-tapausmäärät. Lisäksi tämän
tutkimuksen tuottamalle viruskopioiden määrälle jätevedessä tehtiin
virtaamakorjaus. Tätä tietoa verrattiin THL:n tuottamaan virtaamakorjatun
RNA:n määrään jätevedessä näytteenottopäivinä Wilcoxonin testin avulla, jonka
mukaan THL:n tämän tutkimuksen tulosten välillä on tilastollisesti merkittävä
ero. Tämän tutkimuksen saamat virtaamakorjatun RNA-arvot ovat keskimäärän
10-kertaa suurempia kuin THL:n tulokset. Tutkielman tulosten perusteella
tulevaisuudessa jätevedessä olevan virus-RNA:n määrää voitaisiin ennustaa
THL:n tuottaman datan avulla käyttäen tietoa tilastoiduista tapauksista. Tällöin
malli kertoo, paljon väestössä on tilastoituja ja tilastoimattomia tapauksia
perustuen virusmäärään jätevedessä. Regressiomallien R2-arvot ovat kuitenkin
alhaisia mallinnettaessa COVID-19-dataa, mikä pitää ottaa huomioon tehdessä
tulosten tulkintoja.
...
Since the start of the COVID-19 pandemic many methods have been used to
monitor the progress of the pandemic and the current variants circulating the
population. Wastewater has proven to be one of the most promising monitoring
methods. Studies have shown that people infected with SARS-CoV-2 excrete
viral RNA into sewage water. In this case, the level of viral RNA in wastewater
can be used to monitor the level of infection in the population. This bachelor
thesis investigates the amount of SARS-CoV-2 virus in wastewater in the
treatment plant of Nenäinniemi, Jyväskylä and positive SARS-CoV-2
nasopharyngeal samples from patients. Positive sewage samples were sequenced
unsuccessfully. Patient samples were taken at different time points to determine
which virus variants were present in Jyväskylä during the pandemic and the
samples were sequenced. The original intention was to compare the results of the
nasopharyngeal sample sequences with the sequences obtained from wastewater
samples. However, this could not be achieved. The detection of SARS-CoV-2 in
wastewater samples provided a Cq-value that can be converted to the number of
virus copies in wastewater using a transformation formula. This data was then
combined with COVID-19 data from the National Institute for Health and
Welfare (THL) and flow rates of the wastewater treatment plant. A linear mixed
model was fitted to predict the number of viral copies in the effluent and the
predictors of this model were selected based on information criteria. Predictors
selected were measured fluorescence in qPCR assay, ICU patients with COVID-19 and SARS-CoV-2 case counts. The viral copy number in the wastewater
produced by this study was flow corrected and this data was compared with the
flow corrected RNA in the wastewater on the sampling days produced by THL
using the Wilcoxon’s test. The result was that there is a statistically significant
difference between the results from THL and the results of this study. When
comparing the flow corrected values of this study with THL’s, the values were
averagely ten times higher in this study. This study found that the amount of
viral RNA in wastewater could be predicted in the future using data generated
by THL and by using information from confirmed cases. This will help in
monitoring the pandemic. However, R2 values of the regression models are lower
when modeling COVID-19 data, which must be considered when interpreting
the results.
...
![showless](/themes/JYX2//images/showless.png)
![showmore](/themes/JYX2//images/showmore.png)
![showless](/themes/JYX2//images/showless.png)
![showmore](/themes/JYX2//images/showmore.png)
Asiasanat
Metadata
Näytä kaikki kuvailutiedotKokoelmat
- Kandidaatintutkielmat [5283]
Samankaltainen aineisto
Näytetään aineistoja, joilla on samankaltainen nimeke tai asiasanat.
-
Monitoring of organic matter removal during wastewater treatment using HPSEC-UV-fluorescence
Pulkkinen, Emma (2018)Yhdyskuntien tuottamien jätevesien sisältämä orgaaninen aines on yksi pääasiallisista jätevedenpuhdistamolla poistettavista jäteveden komponenteista. Orgaanisen aineen poistumista jätevedenpuhdistamolla mitataan yleisillä ... -
Occurrence of pharmaceuticals in municipal wastewater treatment plants and receiving surface waters in Central and Southern Finland
Lindholm-Lehto, Petra (University of Jyväskylä, 2016)The presence of five selected pharmaceuticals, four anti-inflammatory drugs, diclofenac, ibuprofen, ketoprofen, naproxen, and an antiepileptic drug carbamazepine, was determined at four municipal wastewater treatment plants ... -
Mass loading, distribution, and removal of antibiotics and antiretroviral drugs in selected wastewater treatment plants in Kenya
Muriuki, Cecilia; Kairigo, Pius; Home, Patrick; Ngumba, Elijah; Raude, James; Gachanja, Anthony; Tuhkanen, Tuula (Elsevier BV, 2020)The discharge of active pharmaceutical ingredients (APIs) into the aquatic environment from wastewater effluents is a concern in many countries. Although many studies have been conducted to evaluate the APIs removal ... -
Virusten infektiivisyys tuotteiden ja tuotepakkausten pinnoilla kaupan olosuhteissa
Shemeikka, Suvi (2024)SARS-CoV-2-pandemia on lisännyt kiinnostusta virusten infektiivisyyden säilymiseen. Hengitystieinfektioita aiheuttavat virukset leviävät pääasiassa ilmateitse, mutta ne voivat levitä myös pintojen välityksellä. Viruksen ... -
Particle balance and return loops for microplastics in a tertiary-level wastewater treatment plant
Salmi, Pauliina; Ryymin, Kalle; Karjalainen, Anna K.; Mikola, Anna; Uurasjärvi, Emilia; Talvitie, Julia (IWA Publishing, 2021)Microplastics (MPs) from households, stormwater, and various industries are transported to wastewater treatment plants (WWTPs), where a high proportion of them are captured before discharging their residuals to watersheds. ...
Ellei toisin mainittu, julkisesti saatavilla olevia JYX-metatietoja (poislukien tiivistelmät) saa vapaasti uudelleenkäyttää CC0-lisenssillä.