Show simple item record

dc.contributor.advisorLuhtala, Satu
dc.contributor.advisorKuopio, Teijo
dc.contributor.authorHeikinmäki, Nella
dc.date.accessioned2022-06-20T05:28:02Z
dc.date.available2022-06-20T05:28:02Z
dc.date.issued2022
dc.identifier.urihttps://jyx.jyu.fi/handle/123456789/81866
dc.description.abstractRintasyöpä on naisten yleisin syöpä maailmassa. Sillä on merkittävä vaikutus kansanterveyteen sekä yhteiskuntaan ja tämän vuoksi sitä on tutkittu laajasti jo pitkään. Tämän opinnäytetyön tarkoituksena on validoida kaupallisen VIS (Visiopharm A/S) kuva-analyysiohjelmiston analyysiprotokollatpaketit (APP:t) käytettäväksi Seinäjoen keskussairaalan patologian osastolla. APP:ja käytetään rintasyövän ennustetekijöiden, estrogeenireseptorin (ER APP), progesteronireseptorin (PR APP), proliferaa-tioasteen (Ki67 APP) sekä ihmisen epidermaalisen kasvutekijäreseptori 2:n (HER2 APP), määrittämiseen. Validaatio tehtiin vertaamalla APP:ien määrittämää analyysitulosta patologin antamaan tulokseen yhteensä 67 tapauksesta. ER:n tapauksessa 20, PR:n tapauksessa 28 ja Ki67 tapauksessa vain 14 tapauksen osalta APP:ien analyysitulokset olivat hyviä, eli erosivat korkeintaan +/- 2 % patologin antamista tuloksista. HER2 näytteiden osalta kuva-analyysiohjelmisto ei tunnistanut statuksia 0 ja 2 kunnolla ja antoi useimmiten tulokseksi 1 tai 3. Tulosten perusteella voidaan todeta, ettei ohjelmistoa voida ottaa kliiniseen diagnostiseen käyttöön sellaisenaan. Sitä voidaan kuitenkin käyttää diagnostiikkaa tukevana välineenä, mikäli se katsotaan ajankäytöllisesti järkeväksi. Yli puolessa tutkimuksen tapauksista kuva- analyysiohjelmistolla kesti yli 40 minuuttia analysoida yksi tapaus.fi
dc.description.abstractBreast cancer is the most common cancer among women worldwide. It has a signif- icant effect on the public health and thus it is widely studied and many prognostic and predictive factors have been identified. They are used to optimize the treatment for the patient. Aim of this Thesis work was to validate analysis protocol packages (APPs) in commercial digital image analysis software VIS by Visiopharm. Validation was done for the determination of prognostic factors for clinical use in the pathol- ogy department of Seinäjoki Central Hospital. The validation was done to estrogen receptor (ER APP), progesterone receptor (PR APP), proliferation index Ki67 (Ki67 APP) and human epidermal growth factor receptor 2 (HER2 APP) from 67 clinical cases by comparing the results the software analysis gave to the ones the pathologists had given. In ER 20, in PR 28 and in Ki67 only 14 cases were determined to have a result that differs maximum of +/- 2 % from the result given by pathologist. In HER2 the software analysis did not recognize statuses 0 and 2 as often as 1 and 3. The validation shows that the software cannot be taken into use for clinical diagnostics. However, the software can be used as a supportive tool in clinical diagnostics, if it is seen beneficial considering its time consumption, which was over 40 minutes in over half of the cases.en
dc.format.extent55
dc.language.isoen
dc.subject.otherdigital pathology
dc.subject.otherdigital image analysis
dc.subject.otherER
dc.subject.otherPR
dc.subject.otherKi67
dc.subject.otherHER2
dc.subject.otherc-erbB2
dc.titleValidation of the breast cancer Analysis Protocol Packages (APPs) for the determination of estrogen and progesterone receptors (ER, PR), human epidermal growth factor recep- tor 2 (HER2) and proliferation index (Ki67) in breast cancer
dc.identifier.urnURN:NBN:fi:jyu-202206203475
dc.type.ontasotMaster’s thesisen
dc.type.ontasotPro gradu -tutkielmafi
dc.contributor.tiedekuntaMatemaattis-luonnontieteellinen tiedekuntafi
dc.contributor.tiedekuntaFaculty of Sciencesen
dc.contributor.laitosBio- ja ympäristötieteiden laitosfi
dc.contributor.laitosDepartment of Biological and Environmental Scienceen
dc.contributor.yliopistoJyväskylän yliopistofi
dc.contributor.yliopistoUniversity of Jyväskyläen
dc.contributor.oppiaineSolu- ja molekyylibiologiafi
dc.contributor.oppiaineCell and molecular biologyen
dc.rights.copyrightJulkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.fi
dc.rights.copyrightThis publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.en
dc.contributor.oppiainekoodi4013
dc.subject.ysorintasyöpä
dc.subject.ysosyöpätaudit
dc.subject.ysobreast cancer
dc.subject.ysocancerous diseases
dc.rights.accessrightsTekijä ei ole antanut lupaa avoimeen julkaisuun, joten aineisto on luettavissa vain Jyväskylän yliopiston kirjaston arkistotyösemalta. Ks. https://kirjasto.jyu.fi/kokoelmat/arkistotyoasema..fi
dc.rights.accessrightsThe author has not given permission to make the work publicly available electronically. Therefore the material can be read only at the archival workstation at Jyväskylä University Library (https://kirjasto.jyu.fi/collections/archival-workstation).en


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record