University of Jyväskylä | JYX Digital Repository

  • English  | Give feedback |
    • suomi
    • English
 
  • Login
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.
View Item 
  • JYX
  • Opinnäytteet
  • Kandidaatintutkielmat
  • View Item
JYX > Opinnäytteet > Kandidaatintutkielmat > View Item

Needleman–Wunsch-algoritmi biosekvenssien rinnastuksessa

Thumbnail
View/Open
177.7Kb

Downloads:  
Show download detailsHide download details  
Authors
Riikonen, Juha
Date
2019
Discipline
TietotekniikkaMathematical Information Technology
Copyright
This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.

 
Jatkuvasti kasvava biologisen datan määrä asettaa uusia vaatimuksia biosekvenssien rinnastusalgoritmeille bioinformatiikan alalla. Tässä kandidaatintutkielmassa on aihetta käsittelevän lähdekirjallisuuden avulla kartoitettu bioinformatiikan ja molekyylibiologisten tietokantojen nykytilannetta, ja tarkasteltu biosekvenssien rinnastuksessa käytetyn Needleman–Wunsch-algoritmin toimintaa ja tehokkuutta.Aikoinaan uraauurtava Needleman– Wunsch-algoritmi vaatii kuitenkin kohtuuttoman paljon laskenta-aikaa suurissa tietokantahauissa, joita mielekäs biologisen datan käsittely nykypäivänä vaatii. Tässä kohtaa kuvioihin astuvat tulosten optimaalisuudessa joustavat heuristiset rinnastusalgoritmit, joiden avulla usean pitkänkin sekvenssin samanaikainen rinnastus on mahdollista kohtuullisessa ajassa.
 
The constantly increasing amount of biological data is setting new standards for the efficiency of biosequence alignment algorithms in the field of bioinformatics. In this literature review we survey the current state of bioinformatics and biological databases, and focus on the Needleman–Wunsch algorithm used in biosequence alignment. However, the once groundbreaking algorithm proves to be too time consuming in performing large database queries, which are required to efficiently utilize the data in existing biological databases. This is where heuristic alignment algorithms step in, which are able to align multple long sequences simultaneously in a reasonble time at the cost of specificity.
 
Keywords
biosekvenssien rinnastaminen algoritmit bioinformatiikka tietokannat
URI

http://urn.fi/URN:NBN:fi:jyu-201906053002

Metadata
Show full item record
Collections
  • Kandidaatintutkielmat [4034]

Related items

Showing items with similar title or keywords.

  • Reitinhakualgoritmien käyttö videopeleissä 

    Keränen, Emil (2018)
    Reitinhaku on sekä videopeleissä että tekoälyn ja robotiikan puolella hyvin tuttu ongelma. Sen tutkimiseen on käytetty viime vuosina paljon resursseja lisääntyneen tekoälykiinnostuksen vuoksi. Tässä tutkielmassa keskitytään ...
  • Algorithms and software for biological multiscale image analysis 

    Paavolainen, Lassi (University of Jyväskylä, 2013)
  • Gravitaatiosimulaatiot 

    Peiponen, Aapo (2019)
    Tässä tutkielmassa tarkastellaan gravitaatiosimulaatioita, simulaatioiden tehokkuutta ja algoritmeja, joilla simulaatioita voidaan nopeuttaa. Gravitaatiosimulaatioiden suurin ongelma on laskennallinen vaativuus. Suoraan N ...
  • Reitinhakualgoritmien vertailu videopeliympäristöissä 

    Pollari, Joonas (2020)
    Reitinhaku on prosessi, jossa etsitään reittiä maaliin erilaisissa ympäristöissä. Tässsä tutkielmassa vertaillaan keskenään erilaisia reitinhakualgoritmeja, ja arvioidaan niiden käytettävyyttä videopeliympäristöissä. ...
  • Alkulukutesteistä 

    Sormunen, Lauri (2016)
    Tämän tutkielman tavoitteena on esittää tunnetuimmat alkulukutestit niin matemaattiselta perustoiltaan kuin käytännön toteutuksiltaan ohjelmakoodin muodossa. Alkulukutestit jaotellaan yleisesti deterministisiin ja ...
  • Browse materials
  • Browse materials
  • Articles
  • Conferences and seminars
  • Electronic books
  • Historical maps
  • Journals
  • Tunes and musical notes
  • Photographs
  • Presentations and posters
  • Publication series
  • Research reports
  • Research data
  • Study materials
  • Theses

Browse

All of JYXCollection listBy Issue DateAuthorsSubjectsPublished inDepartmentDiscipline

My Account

Login

Statistics

View Usage Statistics
  • How to publish in JYX?
  • Self-archiving
  • Publish Your Thesis Online
  • Publishing Your Dissertation
  • Publication services

Open Science at the JYU
 
Data Protection Description

Accessibility Statement

Unless otherwise specified, publicly available JYX metadata (excluding abstracts) may be freely reused under the CC0 waiver.
Open Science Centre