University of Jyväskylä | JYX Digital Repository

  • English  | Give feedback |
    • suomi
    • English
 
  • Login
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.
View Item 
  • JYX
  • Opinnäytteet
  • Pro gradu -tutkielmat
  • View Item
JYX > Opinnäytteet > Pro gradu -tutkielmat > View Item

Flavobakteereja infektoivan ssDNA-faagi FLiP:n isäntävuorovaikutukset

Thumbnail
View/Open
1.0Mb

Downloads:  
Show download detailsHide download details  
Authors
Mäkelä, Kati
Date
2019
Discipline
Solu- ja molekyylibiologiaCell and molecular biology
Copyright
This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.

 
Yksijuosteisia DNA (ssDNA) -faageja sekä lipidikalvollisia ja hännättömiä faageja on eristetty ja tutkittu suhteellisen vähän, vaikka ne ovat huomattavasti yleisempiä ja ekologisesti merkittävämpiä, kuin aiemmin on oletettu. FLiP on Jyväsjärvestä vuonna 2010 eristetty flavobakteereja infektoiva ssDNA-faagi, jolla on lipidikalvo ikosahedraalisesti symmetrisen, hännättömän proteiinikapsidin sisäpuolella. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli analysoida FLiP:n ja sen isäntäbakteerien välisiä vuorovaikutuksia. FLiP:n elinkiertoa tarkasteltiin adsorptiotestien ja kasvukäyräkokeiden avulla ja sen proteiineja analysoitiin kemikaalikäsittelyjen, elektroforeesin ja zymografian avulla. Isäntäkirjon evoluutiokokeissa FLiP-faagia lisättiin eristysisännästä ja mahdollisista uusista isännistä koostuviin sekaviljelmiin. Adsorptiotestien nesteviljelmissä FLiP kiinnittyi ainoastaan eristysisäntäänsä, vaikka puolikiinteillä kasvatusalustoilla FLiP kykenee infektoimaan lisäksi myös kahta muuta bakteerikantaa. FLiP:n proteiineista saatiin uutta tietoa. FLiP:llä esimerkiksi havaittiin useita lyyttisiä entsyymejä. Tämä saattaisi viitata endolyysiinien esiintymiseen virionissa sekä mahdollisesti myös faagin laajaan isäntäkirjoon. Mikäli FLiP:n isäntäkirjo laajenisi kaloille patogeenisiin flavobakteerikantoihin, FLiP voisi toimia hyvänä faagiterapian välineenä tappaessaan kohdennetusti ja tehokkaasti kalojen kudoksiin kiinnittyneitä bakteereja. ...
 
Single-stranded DNA (ssDNA) phages, lipid-containing phages and non-tailed phages are more common and ecologically more significant than previously considered, though still relatively scarcely isolated and researched. FLiP is a Flavobacterium-infecting virus, which has been isolated from the lake Jyväsjärvi in 2010. FLiP has an internal lipid membrane, ssDNA genome and icosahedral, nontailed capsid. The aim of this study was to analyze interactions between FLiP and its host bacteria. Adsorption tests and one-step cultivations were performed to analyse adsorption and infective cycle of FLiP. Chemical treatments, electrophoresis and zymography were used to analyse phage proteins. Mixed cultures of original and potential new hosts were applied to test host-range evolution of FLiP. FLiP can infect three bacterial strains on semi-solid agar, but it could only adsorb onto its original host in liquid cultivations of adsorption tests. New information on FLiP proteins was acquired; for example, several lytic enzymes were observed. That might suggest that FLiP contains endolysins. Several lytic enzymes might also implicate that the phage has broad host range. If the host range of FLiP was broadened to fish-pathogenic Flavobacterium-strains, FLiP could be used as a good agent for phage therapy targeting specifically and effectively the bacteria, which are attached to fish tissues. ...
 
Keywords
endolysiinit faagi-bakteerivuorovaikutukset bakteriofagit proteiinit elinkierto virukset molekyylibiologia entsyymit
URI

http://urn.fi/URN:NBN:fi:jyu-201903041704

Metadata
Show full item record
Collections
  • Pro gradu -tutkielmat [23417]

Related items

Showing items with similar title or keywords.

  • PKR phosphorylation as an Indicator for echovirus 1 genome egress from endosomes 

    Aspelin, William (2019)
    Isäntäsolut ovat kehittäneet useita keinoja tunnistaa viruksia ja estää niiden lisääntyminen. Yksi näistä keinoista on translaatioon vaadittavan tukiproteiini eukaryotic intiation factor 2:n (eIF2) fosforylaatio, joka estää ...
  • Host Cell Calpains Can Cleave Structural Proteins from the Enterovirus Polyprotein 

    Laajala, Mira; Hankaniemi, Minna M.; Määttä, Juha A. E.; Hytönen, Vesa P.; Laitinen, Olli H.; Marjomäki, Varpu (MDPI, 2019)
    Enteroviruses are small RNA viruses that cause diseases with various symptoms ranging from mild to severe. Enterovirus proteins are translated as a single polyprotein, which is cleaved by viral proteases to release capsid ...
  • Something old, something new : exploring membrane-containing bacteriophages 

    Mäntynen, Sari (University of Jyväskylä, 2016)
  • Small things matter : of phages and antibiotic resistance conferring plasmids 

    Mattila, Sari (University of Jyväskylä, 2016)
    Viruses and plasmids are small units of genetic material dependent on cells either transiently or continuously. Intriguingly, stories of these small entities intertwine in antibiotic resistance crisis. Horizontal gene ...
  • Thermus bacteriophage P23-77 : key member of a novel, but ancient family of viruses from extreme environments 

    Pawlowski, Alice (University of Jyväskylä, 2015)
  • Browse materials
  • Browse materials
  • Articles
  • Conferences and seminars
  • Electronic books
  • Historical maps
  • Journals
  • Tunes and musical notes
  • Photographs
  • Presentations and posters
  • Publication series
  • Research reports
  • Research data
  • Study materials
  • Theses

Browse

All of JYXCollection listBy Issue DateAuthorsSubjectsPublished inDepartmentDiscipline

My Account

Login

Statistics

View Usage Statistics
  • How to publish in JYX?
  • Self-archiving
  • Publish Your Thesis Online
  • Publishing Your Dissertation
  • Publication services

Open Science at the JYU
 
Data Protection Description

Accessibility Statement

Unless otherwise specified, publicly available JYX metadata (excluding abstracts) may be freely reused under the CC0 waiver.
Open Science Centre