Laskennalliset menetelmät foldameeritutkimuksessa
Foldameerit ovat oligomeerejä, joilla on stabiili sekundäärirakenne eli niillä on kyky laskostua. Foldameerien syntetisointi ja karakterisointi on usein melko vaikeaa. Tästä syystä niiden rakenteen ja ominaisuuksien tutkimiseksi on kehitelty useita erilaisia laskennallisia malleja. Laskennalliset menetelmät jakautuvat kvanttimekaniikan menetelmiin ja molekyylidynamiikkaan. Molekyylidynamiikka perustuu klassiseen mekaniikkaan. Siinä yksittäisiä atomeja käsitellään palloina, joilla on muuttumaton varaus. Atomien väliset sidokset on yksinkertaistettu jousiksi, joilla on tasapainotila, joka on sama kuin kokeellinen tai laskennallinen sidospituus. Kvanttimekaniikan menetelmillä voidaan tutkia molekyylien konformaatioiden energioita, kun taas molekyylidynamiikalla pystytään mallintamaan molekyylien tai atomien käytöstä liuos- tai kiinteässä tilassa. Tässä työssä pääpaino on erityisesti molekyylidynamiikan menetelmien hyödyntämisessä foldameerien tutkimuksessa.
Metadata
Show full item recordCollections
- Pro gradu -tutkielmat [29107]
Related items
Showing items with similar title or keywords.
-
On computation in statistical models with a psychophysical application
Kujala, Janne V. (University of Jyväskylä, 2004)FM Janne Kujalan tieteellisen laskennan väitöskirjan ”On computation in statistical models with a psychophysical application” (Laskennasta tilastollisissa malleissa psykofysiikkaan soveltaen) tarkastustilaisuus. Vastaväittäjänä ... -
Approximation method for computationally expensive nonconvex multiobjective optimization problems
Haanpää, Tomi (University of Jyväskylä, 2012) -
Effect of ligand-binding on protein function
Ylilauri, Mikko (University of Jyväskylä, 2014) -
Reliable control over approximation errors by functional type a posteriori estimates
Frolov, Maxim (University of Jyväskylä, 2004)FM Maxim Frolovin tieteellisen laskennan väitöskirjan ”Reliable Control over Approximation Errors by Functional Type A Posteriori Estimates” tarkastustilaisuus. Vastaväittäjänä professori Rolf Stenberg (Teknillinen ... -
Regularization in multistage cooperitive games
Dementieva, Maria (University of Jyväskylä, 2004)Maria Dementievan väitöskirja käsittelee yhteistyöpelien teoriaa ja niiden ratkaisemista. Työssä pyritään kuvaamaan peliteorian ongelmien ratkaisujoukon ns. aliytimen ominaisuuksia. Työn päähuomio on kiinnitetty monivaiheisten ...