Dielectrophoretic trapping of 3D-DNA origamis
DNA-origamilla tarkoitetaan järjestelmää, jossa yksijuosteinen DNA-molekyyli on taiteltu tiettyyn ennaltamäärättyyn muotoon. Haluttua muotoa aproksimoidaan liitämällä yhteen samansuuntaisia DNA-kierteitä, joiden läpi kulkee koko rakenteen matkalta erillinen scaffoldjuoste. Tämä juoste luo lisää linkkejä kierteiden välille ja liittää niiden irtonaiset päät yhteen. Rakennetta koossapitävien liitosjuosteiden (staple strands) avulla scaffold-juosteen taittumista pystytään ohjaamaan ja luomaan vastakkaissuuntaisista DNA-kierteistä koostuva kaksiulotteinen origami. Kolmiulotteinen origami muodostetaan taivuttamalla edellämainittua litteää, kaksiulotteista origamia siten, että se muodostaa itsensä kanssa kennomaisen hilarakenteen, jota koossapitämään lisätään kierteiden välille liitosjuosteita. Tätä perusrakennetta muokkaamalla voidaan tämän jälkeen saada aikaan haluttu kolmiulotteinen muoto origamille. Origamien ja muiden DNA-rakenteiden suunnitteluun käytetään tähän tarkoitukseen varta vasten tehtyjä tietokoneohjelmia, jolloin pystytään helposti luomaan oikea sekvenssi juosteille.
Dielektroforeesissa polarisoituva kappale, joka voi olla joko neutraali tai varattu, liikkuu epähomogeenisessa sähkökentässä. Kappaleen vastakkaisille pinnoille indusoituu tällöin sähkökentän vaikutuksesta positiivinen ja negatiivinen varausjakauma, jotka vuorovaikuttavat sähkökentän kanssa ja saavat aikaan Coulombin lain mukaisen voiman. Koska dielektroforeesissa käytettävä sähkökenttä on epähomogeeninen, nämä voimat ovat erisuuruisia ja siten nettovoima on nollasta poikkeava aiheuttaen kappaleen liikkeen.
Dielektroforeesia voidaan käyttää ”vangitsemaan” näytteen partikkeleita elektrodien väliin. Tämä onnistuu lisäämällä elektrodien ympärille näytepartikkeleita sisältävää liuosta ja kytkemällä niiden välille sähkökenttä. DNA:n tapauksessa käytetyn sähkökentän tulee olla AC-kenttä, sillä molekyylin negatiivisesta varauksesta johtuen kaikki molekyylit liikkuisivat muutoin positiiviselle elektrodille sen sijaan, että ne sijoittautuisivat keskelle elektrodien välillä olevaa aukkoa. Jos näytteen permittiivisyys on sopiva, partikkelit liikkuvat kohti elektrodien välissä keskellä sijaitsevaa sähkökentän maksimia ja jäävät paikalleen. Dielektroforeettisen voiman lisäksi molekyylien liikkeeseen näyteliuoksessa vaikuttavat sekä termiset voimat että satunnainen Brownin liike, joka
pahimmillaan voi jo itsessään olla dielektroforeettista voimaa suurempi ja estää vangitsemisen. Tästä johtuen on erityisen tärkeää, että vangittaville partikkeleille Brownin satunnaisvoima on tarpeeksi pieni ja että käytetty näyteliuos on johtavuusominaisuuksiltaan sopiva estääkseen lämpökonvektioiden vaikutukset vangitsemiseen. DNA-rakenteiden tapauksessa dielektroforeettista vangitsemista voidaan hyödyntää esimerkiksi mitattaessa DNA:n sähkönjohtavuutta, sillä tällä menetelmällä voidaan suhteellisen yksinkertaisesti eristää yksittäinen partikkeli tutkittavaksi.
...
Asiasanat
Metadata
Näytä kaikki kuvailutiedotKokoelmat
- Pro gradu -tutkielmat [29740]
Lisenssi
Samankaltainen aineisto
Näytetään aineistoja, joilla on samankaltainen nimeke tai asiasanat.
-
Conductivity measurements of DNA TX tile and origami structures
Paasonen, Seppo (2011)Tässä tutkielmassa on tutkittu kahden erilaisen itsejärjestyvän DNA-rakenteen sähkönjohtavuutta nanomittakaavassa. Ensimmäinen rakenteista on suorakaiteenmuotoinen kaksiulotteinen DNA-levy kooltaan noin 70×100 nm2 toisen ... -
Dielectrophoretic trapping and Raman spectroscopy of fluorescent oligonucleotides
Ari, Ville (2016)Nanotiede kasvaa edelleen tutkimusalana nopeasti, ja sille löytyy lukematon määrä sovelluskohteita. Sen vahvuutena on poikkitieteellisyys fysiikan, kemian ja biologian kesken, jotka kaikki tutkivat atomitason ilmiöitä. ... -
Mikrojärjestelmien virtausdynamiikka numeerisen mallintamisen näkökulmasta
Tuovinen, Tero (2005) -
Lääkkeiden kohdistaminen DNA-origameilla
Järvinen, Heini (2020)Tutkielmassa käsitellään lääkkeiden aktiivista kohdistamista ja kuljettamista DNA-origameja hyödyntävillä nanorakenteilla. DNA-nanoteknologia hyödyntää nanorakenteiden itsejärjestäytymistä kyetäkseen vaikuttamaan näissä ... -
Oxidative damage of DNA origami induced by Fenton reagents
Eskelinen Antti-Pekka (2009)
Ellei toisin mainittu, julkisesti saatavilla olevia JYX-metatietoja (poislukien tiivistelmät) saa vapaasti uudelleenkäyttää CC0-lisenssillä.