Effect of ligand-binding on protein function
Julkaistu sarjassa
Jyväskylä studies in biological and environmental scienceTekijät
Päivämäärä
2014Oppiaine
Solu- ja molekyylibiologiaJulkaisija
University of JyväskyläISBN
978-951-39-5583-0ISSN Hae Julkaisufoorumista
1456-9701Julkaisuun sisältyy osajulkaisuja
- Article I: Postila P.A., Ylilauri M. & Pentikäinen O.T. 2011. Full and partial agonism of ionotropic glutamate receptors indicated by molecular dynamics simulations. Journal of Chemical Information and Modeling 51: 1037–1047. DOI: 10.1021/ci2000055
- Article II: Ylilauri M. & Pentikäinen O.T. 2012. Structural mechanism of N-methyl-D -aspartate receptor type 1 partial agonism. PLoS One 7 (10): e47604. DOI: 10.1371/journal.pone.0047604
- Article III: Ylilauri M. & Pentikäinen O.T. 2013. MMGBSA as a tool to understand the binding affinities of filamin-peptide interactions. Journal of Chemical Information and Modeling 53: 2626-2633 . DOI: 10.1021/ci4002475
- Article IV: Ylilauri M., Mattila E., Nurminen E.M., Käpylä J., Niinivehmas S.P., Määttä J.A., Pentikäinen U., Ivaska J. & Pentikäinen O.T. 2013. Molecular mechanism of T-cell protein tyrosine phosphatase (TCPTP) activation by mitoxantrone. Biochimica et Biophysica Acta 1834: 1988-1997. DOI: 10.1016/j.bbapap.2013.07.001
Asiasanat
tietokonesimulointi molekyylidynamiikka ionotrooppiset glutamaattireseptorit peptidiligandit iGluR FLNa TCPTP binding free energy filamin ionotropic glutamate receptor molecular dynamics T-cell protein tyrosine phosphatase proteiinit ligandit filamiinit sitoutuminen lääkesuunnittelu laskennallinen tiede simulointi laskennalliset menetelmät
Metadata
Näytä kaikki kuvailutiedotKokoelmat
- Väitöskirjat [3598]
Lisenssi
Samankaltainen aineisto
Näytetään aineistoja, joilla on samankaltainen nimeke tai asiasanat.
-
Three proteins regulating integrin function - filamin, 14-3-3 and RIAM
Takala, Heikki (University of Jyväskylä, 2011) -
Suitability of MMGBSA for the selection of correct ligand binding modes from docking results
Ahinko, Mira; Niinivehmas, Sanna; Jokinen, Elmeri; Pentikäinen, Olli (Wiley-Blackwell Publishing, Inc., 2019)The estimation of the correct binding mode and affinity of a ligand into a target protein using computational methods is challenging. However, docking can introduce poses from which the correct binding mode could be ... -
Activin Receptor Ligand Blocking and Cancer Have Distinct Effects on Protein and Redox Homeostasis in Skeletal Muscle and Liver
Hentilä, Jaakko; Nissinen, Tuuli; Korkmaz, Ayhan; Lensu, Sanna; Silvennoinen, Mika; Pasternack, Arja; Ritvos, Olli; Atalay, Mustafa; Hulmi, Juha (Frontiers Research Foundation, 2019)Muscle wasting in cancer cachexia can be alleviated by blocking activin receptor type 2 (ACVR2) ligands through changes in protein synthesis/degradation. These changes in cellular and protein metabolism may alter protein ... -
Structural studies on filamin domain interactions
Seppälä, Jonne (University of Jyväskylä, 2015) -
Exploring kainate receptor pharmacology using molecular dynamics simulations
Postila, Pekka; Swanson, Geoffrey; Pentikäinen, Olli (2010)Ionotropic glutamate receptors (iGluRs) are enticing targets for pharmaceutical research; however, the search for selective ligands is a laborious experimental process. Here we introduce a purely computational procedure ...
Ellei toisin mainittu, julkisesti saatavilla olevia JYX-metatietoja (poislukien tiivistelmät) saa vapaasti uudelleenkäyttää CC0-lisenssillä.