University of Jyväskylä | JYX Digital Repository

  • English  | Give feedback |
    • suomi
    • English
 
  • Login
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.
View Item 
  • JYX
  • Opinnäytteet
  • Pro gradu -tutkielmat
  • View Item
JYX > Opinnäytteet > Pro gradu -tutkielmat > View Item

Temporal and Spatial Variation in Microbial Communities of Aquatic Sediments in the Baltic Sea

Thumbnail
View/Open
2.1 Mb

Downloads:  
Show download detailsHide download details  
Authors
Kolehmainen, Aleksi
Date
2021
Discipline
Solu- ja molekyylibiologiaCell and molecular biology
Copyright
This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.

 
Mikrobipopulaatiot ovat olennainen osa jokaista ekosysteemiä. Tästä huolimatta alkueliöt ovat kuitenkin huomattavasti vähemmän tutkittuja prokaryootteihin verrattuna. Tämä maisteritutkielma tutkii mikrobipopulaatioiden diversiteettiä Itämeressä uuden sukupolven sekvensointimenetelmillä. Tutkimus keskittyy erityisesti alkueläinpopulaatioihin. Päämääränä on selvittää, kuinka Itämeren suolagradientti ja ajallinen vaihtelu vaikuttavat populaatioiden rakenteisiin. Hypoteesina on, että bakteeripopulaatioiden diversiteetti pysyisi tasaisena ajasta ja paikasta riippumatta, mutta alkueliöiden määrät vaihtelisivat enemmän. Työssä käytetyt näytteet kerättiin kolmelta eri näytteenottopaikalta neljästi vuodessa. Näytteet sekvensoitiin ja tulokset analysoitiin RStudio-ohjelmalla. Bakteereissa havaittiin merkittävää vaihtelua ajallisesti. Alkueliöiden diversiteetti vaihteli paikallisesti. Dinoflagellata oli suhteellisesti yleisin pääjakso elokuussa 2018 lähes kaikilla näytteenottopaikoilla, mutta määrä laski vuoden edetessä. Ochrophyta puolestaan kasvoi määrällisesti vuoden aikana. Syy tähän ilmiöön oli todennäköisesti vuoden 2018 elokuun korkea lämpötila. Tulokset eivät noudattaneet hypoteesia, jonka mukaan alkueliöt olisivat alttiimpia ympäristötekijöille, sillä bakteereiden diversiteetin vaihtelu ajallisesti oli vastoin odotuksia. ...
 
Microbe populations are essential for every ecosystem and have various functions. However, protists are notably less studied compared to prokaryotic microbes. This master’s thesis focuses on studying the diversity of microbe populations in the Baltic Sea using next-generation sequencing. The focus is especially on the protist diversity. The aim is to find out whether the salinity gradient and seasonal changes have an effect on the structure of the microbe population. It was hypothesized that the bacterial diversity would remain steady throughout the year regardless of surrounding conditions, while protists would experience more variation. The samples used in the thesis were taken from three different sites with varying salinity in the Baltic Sea. The sampling was repeated four times throughout the year. The samples were sequenced and the results were statistically analyzed with RStudio. Bacteria showed significant temporal variation in diversity, with Cyanobacteria and Proteobacteria being the most common phyla. Protist populations varied spatially. More variation could be seen on the class level. Dinoflagellata were the most abundant phylum in nearly all sites in August 2018, but declined throughout the year, while the abundance of Ochrophyta grew. This was most likely due to exceptionally high temperatures during August 2018. ...
 
Keywords
Sequencing Prokaryotes Alpha Diversity 16S rDNA 18S rDNA alkueliöt aitotumaiset mikrobit bakteerit mikrobiologia mikro-organismit itiöeläimet protists eukaryote microbes bacteria microbiology microorganisms Apicomplexa
URI

http://urn.fi/URN:NBN:fi:jyu-202107024154

Metadata
Show full item record
Collections
  • Pro gradu -tutkielmat [27629]

Related items

Showing items with similar title or keywords.

  • Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria and their photosynthetic membranes : imaging from macro- to nanoscale 

    Franz, Ole (2022)
    While anaerobic anoxygenic phototrophic green or purple bacteria have been extensively researched, little is known about the ubiquity and function of aerobic anoxygenic phototrophic (AAP) bacteria in different environments. ...
  • Comparison of the ecotoxicological effects of perfluorooctanoic acid (PFOA) and perfluorohexanoic acid (PFHxA) on the freshwater microbial community 

    Laine, Miikka Benjami (2021)
    Perfluorattujen karboksyylihappojen (PFCAs) pysyvyys, biokertyvyys, toksisuus sekä laaja levinneisyys ympäristöön huolestuttaa ja niiden ekotoksikologisista vaikutuksista vesistöjen mikrobeihin on verrattain vähän tutkittua ...
  • Aerobisten anoxygeenisten fotosynteettisten (AAP) bakteerien havainnointi ja esiintyminen pohjoisella hemiarktisella kasvillisuusvyöhykkeellä 

    Mäkelä, Meri; Kraft, Venla (2021)
    Aerobiset anoxygeeniset fotosynteettiset (AAP) bakteerit eli hapellisissa olosuhteissa happea tuottamattomasti yhteyttävät bakteerit ovat monimuotoinen fotoheterotrofinen bakteeriryhmä. Niiden tutkimus on keskittynyt ...
  • Does Intraspecific Variation in rDNA Copy Number Affect Analysis of Microbial Communities? 

    Lavrinienko, Anton; Jernfors, Toni; Koskimäki, Janne J.; Pirttilä, Anna Maria; Watts, Phillip C. (Elsevier, 2021)
    Amplicon sequencing of partial regions of the ribosomal RNA loci (rDNA) is widely used to profile microbial communities. However, the rDNA is dynamic and can exhibit substantial interspecific and intraspecific variation ...
  • Abundant and diverse arsenic‐metabolizing microorganisms in peatlands treating arsenic‐contaminated mining wastewaters 

    Kujala, Katharina; Besold, Johannes; Mikkonen, Anu; Tiirola, Marja; Planer-Friedrich, Britta (Wiley-Blackwell, 2020)
    Mining operations produce large quantities of wastewater. At a mine site in Northern Finland, two natural peatlands are used for the treatment of mining‐influenced waters with high concentrations of sulfate and potentially ...
  • Browse materials
  • Browse materials
  • Articles
  • Conferences and seminars
  • Electronic books
  • Historical maps
  • Journals
  • Tunes and musical notes
  • Photographs
  • Presentations and posters
  • Publication series
  • Research reports
  • Research data
  • Study materials
  • Theses

Browse

All of JYXCollection listBy Issue DateAuthorsSubjectsPublished inDepartmentDiscipline

My Account

Login

Statistics

View Usage Statistics
  • How to publish in JYX?
  • Self-archiving
  • Publish Your Thesis Online
  • Publishing Your Dissertation
  • Publish Your Data
  • Publication services

Open Science at the JYU
 
Data Protection Description

Accessibility Statement

Unless otherwise specified, publicly available JYX metadata (excluding abstracts) may be freely reused under the CC0 waiver.
Open Science Centre