Implementing source space analysis functionality in a GUI application for MEG data analysis

Abstract

Meggie on graafiseen käyttöliittymään pohjautuva sovellus, jonka tarkoitus on helpottaa komentorivipohjaisen MNE-kirjaston käyttöä. Sen kohdekäyttäjiä ovat eritoten Jyväskylän yliopiston neurotieteiden tutkijat ja opiskelijat. Sovelluksen lähdekoodi on avointa, joten sen leviäminen myös laajemman käyttäjä- ja kehittäjäkunnan tietoisuuteen lienee mahdollista.

Tutkielman tavoitteena oli lähdemallinnukseen liittyvän toiminnallisuuden lisääminen Meggieen sekä tämän toiminnallisuuden dokumentointi ja toteutusratkaisujen arviointi. Tutkielman tieteelliseksi paradigmaksi valikoitui suunnittelutiede (design science), jonka mukaisen dokumentoinnin ja arvioinnin erityiskohteita olivat arkkitehtuuri, koodin laatu ja sovelluksen käytettävyys. Tutkielma kommentoi osaltaan sovelluskehitykseen liittyvää keskustelua erityisesti laskennallisiin neurotieteisiin liittyen, ja toivottavasti myös hyödyttää tuota kehitystä esittelemällä mahdollisia toteutusratkaisuja alueelle tyypillisiin kehitysongelmiin.

Meggie is a graphical frontend application for MNE, a set of Python and C tools for MEG data analysis. The application is designed to facilitate analysis as performed by students and researchers of neuroscience primarily at the University of Jyväskylä. As the application is published under a free software licence, more general usage is also a possibility.

This thesis focused on implementing source space analysis functionality in Meggie and evaluating the solutions to realize this functionality. As the the main goal of the thesis was to fulfill an existing need with a software artifact, the evaluation was performed within the paradigm of design science. Along with the benefits to the users of the application, the thesis contributes to the general discussion about the software development practices in the field of computational neuroscience, offering documented experiences about the viability of solutions. Details regarding the domain of neuroscience and the architecture of the application are provided.