Tietokoneistettu NMR-spektroskopia : uuden sukupolven käyttöliittymä ja spektrianalyysi
Korkean resoluution NMR-spektroskopia eroaa muista molekyylispektroskopioista siinä, että jopa kaikkein monimutkaisimmat, tuhansista yksittäisistä spektriviivoista muodostuvat spektrit voidaan esittää vain muutaman parametrin avulla käyttämällä kvanttimekaanista teoriaa. Tietokoneistetun NMR-spektrianalyysin tarkoituksena on määrittää nämä parametrit havaitusta spektristä kvanttimekaanisen spektrianalyysin (QMSA) avulla. Tutkielmassa käydään läpi tietokoneistetun NMR-spektroskopian taustahistoriaa ja teoriaa sekä sivutaan sen eri käyttökohteita.
Tutkielman kokeellisessa osassa luotiin käyttöliittymä (ChemAdder) tietokoneistettuun NMR-spektroskopiaan erikoistuneeseen tietokoneohjelmaan, joka toimii yhdessä laskutoimituksia tekevän Fortran-ohjelman (SpinAdder) kanssa. Ohjelma soveltuu hyvin myös perinteiseen spektrianalyysiin, ja se tukee tällä hetkellä JCAMP-DX-spektriformaattia (1D ja 2D). Käyttöliittymä toteutettiin Qt:lla, joka on moderni alustariippumaton ohjelmistojen ja graafisten käyttöliittymien C++ kehitysympäristö.
QMSA:n yksi lupaavimmista sovellutuksista on erilaisten seosten, kuten biologisten nesteiden kvantitatiivinen analyysi. Ohjelman avulla voidaan rakentaa, tallentaa ja käyttää tehokkaasti adaptiivisia spektrikirjastoja (ASL), jotka sisältävät esimerkiksi metaboliittien spektrit parametritiedostoina. Parametritiedostojen koko on murto-osa alkuperäisistä spektreistä ja niitä käyttämällä analyysissä tarvittavat varsinaiset spektrit voidaan simuloida hetkessä missä tahansa kentässä, käyttämällä mitä tahansa juovan muotoa tai leveyttä. Ohjelman sisältämä ASL-apuri mahdollistaa lähes automaattisen suurienkin spektriaineistojen käsittelyn muutamalla klikkauksella spektridatasta pylväsdiagrammiin ja CSV-tiedostoon. ChemAdder-projektin kotisivu, posteriesitys ja video löytyvät osoitteesta http://chemadder.com.
...
Keywords
Metadata
Show full item recordCollections
- Pro gradu -tutkielmat [29106]
Related items
Showing items with similar title or keywords.
-
NMR structure of a non-conjugatable, ADP-ribosylation associated, ubiquitin-like domain from Tetrahymena thermophila polyubiquitin locus
Chiarini, Valerio; Tossavainen, Helena; Sharma, Vivek; Colotti, Gianni (Elsevier, 2019)Background. Ubiquitin-like domains (UbLs), in addition to being post-translationally conjugated to the target through the E1-E2-E3 enzymatic cascade, can be translated as a part of the protein they ought to regulate. As ... -
Dynamic Stabilization of the Ligand-Metal Interface in Atomically Precise Gold Nanoclusters Au68 and Au144 Protected by meta-Mercaptobenzoic Acid
Tero, Tiia-Riikka; Malola, Sami; Koncz, Benedek; Pohjolainen, Emmi; Lautala, Saara; Mustalahti, Satu; Permi, Perttu; Groenhof, Gerrit; Pettersson, Mika; Häkkinen, Hannu (American Chemical Society, 2017)Ligand-stabilized, atomically precise gold nanoclusters with a metal core of a uniform size of just 1-3 nm constitute an interesting class of nanomaterials with versatile possibilities for applications due to their ... -
Synthesis of cyanoethyl- and carbamoylethylcellulose
Roulamo, Anneli (2003)The tentative plan of the research described in this study was to clarify a possibility to use cyanoethylation of cellulose as an intermediate step in the synthesis of carboxyethylcellulose. During the work it turned out ... -
Sequential assignment of the intrinsically disordered protein bacterial interleukin receptor 1 with nuclear magnetic resonance spectroscopy
Salovaara, Santeri (2018)Significance of intrinsic disorder in biological systems, nuclear magnetism and different methods for its use in protein structure determination have been reviewed. These methods include the use of different detection ... -
Sequential assignment of the intrinsically disordered protein bacterial interleukin receptor 1 with nuclear magnetic resonance spectroscopy
Salovaara, Santeri (2018)Significance of intrinsic disorder in biological systems, nuclear magnetism and different methods for its use in protein structure determination have been reviewed. These methods include the use of different detection ...