Western blot characterization of exosomes isolated from rat plasma and evaluation of the efficiency of a precipitation method in exosome isolation

Abstract

Eksosomit ovat halkaisijaltaan 40-100 nm kokoisia solunulkoisia vesikkeleitä, joita solut erittävät solunsisäisen multivesikulaarisen rakkulan yhdistyessä solukalvoon. Eksosomit ovat tärkeässä roolissa solujen välisessä viestinnässä, sillä ne kuljettavat monenlaisia biomolekyylejä, kuten useita eri RNA-tyyppejä, lipidejä ja proteiineja. Aivoissa eksosomit liittyvät neurodegeneratiivisiin sairauksiin, kuten Parkisonin tautiin, Alzheimerin tautiin ja aivovammaan. Eksosomit kykenevät läpäisemään veri-aivoesteen, ja tutkijat ovatkin esittäneet paljon kiinnostusta eksosomien mahdollisuuksiin uutena hoitokeinona. Lisäksi eksosomien kuljettamat molekyylit sisältävät tietoa eksosomit erittäneen solun toiminnoista, minkä ansiosta ne voisivat mahdollisesti toimia biomarkkereina eri sairauksille. Eksosomeja voidaan puhdistaa usealla tavalla, esimerkiksi saostamalla, ultrafuugaamalla ja pylväskromatografialla. Puhdistuksen onnistumisen toteamiseksi suositellaan eksosomien karakterisointia ISEV:n (International Society for Extracellular Vesicles) asettamien suuntaviivojen mukaisesti.

Tämän tutkimuksen tavoitteet olivat 1) Western blot -menetelmän pystyttäminen rotan plasmanäytteille 2) Western blot menetelmän pystyttäminen eksosomien karakterisointia varten 3) saostusmenetelmän tehokkuuden arviointi eksosomipuhdistuksessa rotan plasmasta. Western blot -menetelmän pystyttämiseen sisältyi protokollan ja karakterisoinnissa käytettävien vasta-aineiden optimointi. Vasta-aineilla tunnistettavat proteiinit olivat Alix (vesikkelimarkkeri), kalneksiini (solukontaminaatiomarkkeri) ja albumiini (plasmaproteiinien kontaminaatiomarkkeri). Saostusmenetelmän tehokkuus arvioitiin usealla menetelmällä (NTA, SDS-PAGE, Western blot).

Anti-Alix, anti-kalneksiini ja anti-albumiini vasta-aineiden optimointi onnistui, mutta eksosomimarkkeriproteiini CD63:n ja flotilliini-1:n tunnistavia vasta-aineita ei saatu toimimaan. Anti-CD63 ja anti-flotilliini-1 eivät luultavasti toimineet ollenkaan, sillä niillä ei saatu signaalia edes positiivikontrollista. Tutkimuksessa huomattiin, että sekundaarivasta-aineet reagoivat vahvasti rotan plasmassa esiintyvien immunoglobuliinien kanssa, mikä aiheutti ylimääräisiä vyöhykkeitä Western blotissa. Eksosomien karakterisointi paljasti, että eristystuote sisälsi eksosomeja, mutta myös paljon albumiinia. NTA:n tulokset näyttivät, että suurempien partikkelien osuus kasvoi, kun taas 60 nanometriä pienempien partikkelien (proteiinit ja lipoproteiinit) osuus pieneni selkeästi eristysprosessin aikana. Arvioinnin muut tulokset osoittivat, että saostusmenetelmä onnistui poistamaan noin 60 % plasmaproteiineista, joista albumiini on kaikista yleisin. Tutkimuksessa onnistuttiin pystyttämään Western blot -menetelmä rotan plasmanäytteiden karakterisoinnille. Lisäksi havaittiin, että saostusmenetelmä ennemmin rikasti kuin puhdisti eksosomeja, sillä eksosomien ohella saostui paljon plasman proteiineja. Tulevaisuudessa olisi kannattavaa yrittää parantaa eksosomien eristystä kokeilemalla jotakin toista puhdistusmenetelmää, esimerkiksi pylväskromatografiaa.

Exosomes are 40–100 nm membrane-enclosed extracellular vesicles (EVs) secreted outside the cell by the fusion of multivesicular bodies with the plasma membrane. Exosomes play an important role in intercellular signaling by carrying different biomolecules, such as several types of RNA (mRNA, miRNA and other non-coding RNA), lipids and proteins. In the brain, exosomes are involved in neurodegenerative diseases, such as Parkinson’s disease, Alzheimer’s disease and traumatic brain injury (TBI). Exosomes can pass the blood-brain barrier, and there has been a growing interest in the therapeutic potential of exosomes. Also, the contents of exosomes carry information about the ongoing processes in their cell of origin, which makes the exosome cargo, for example miRNAs, potential disease biomarkers. To claim the presence of exosomes in the isolate, they are recommended to be characterized according to the guidelines of International Society for Extracellular Vesicles (ISEV).

The aims of this study were 1) to set up a Western blot method for samples from rat plasma 2) to set up a Western blot method for characterization of exosomes according to the ISEV guidelines 3) evaluate the efficiency of the precipitation method in exosome isolation from rat plasma. The set-up of the Western blot method included optimization of the protocol and the antibodies, which were then used in exosome characterization for detection of Alix (EV marker), calnexin (cell contamination marker) and albumin (plasma protein contamination marker). Efficiency of the exosome precipitation was analysed by nanoparticle tracking analysis (NTA), SDS-PAGE and Western blot.

It was succeeded to optimize the anti-Alix, anti-calnexin and anti-albumin primary antibodies. However, finding working conditions for antibodies targeting other exosome marker proteins (CD63 and flotillin-1) failed, possibly because of unfunctional antibodies. In addition, the secondary antibodies were observed to strongly cross-react with the immunoglobulins naturally present in rat plasma, which caused unwanted bands in Western blot. Characterization confirmed the presence of exosomes, however, also the vast amount of contaminating plasma proteins in the exosome isolate. NTA results indicated that the share of larger particles increased during the isolation process, whereas the share of <60 nm particles (proteins and lipoproteins) clearly decreased. The results of the evaluation of the precipitation method efficiency by SDS-PAGE and Western blot indicated that the method removed ~60 % of the contaminating plasma proteins, of which albumin is the most abundant. In conclusion, it was succeeded to establish a Western blot characterization method for rat plasma samples. It was also concluded that the precipitation method enriched exosomes rather than purified them, since a lot of plasma proteins were coisolated with exosomes. To improve the isolation of exosomes from plasma in future studies, use of alternative isolation methods i.e. size-exclusion chromatography should be investigated.