Näytä suppeat kuvailutiedot

dc.contributor.advisorMarjomäki, Varpu
dc.contributor.advisorRuokolainen, Visa
dc.contributor.authorHaapakoski, Marjo
dc.date.accessioned2020-07-02T08:46:43Z
dc.date.available2020-07-02T08:46:43Z
dc.date.issued2020
dc.identifier.urihttps://jyx.jyu.fi/handle/123456789/71029
dc.description.abstractEnterovirusten B ryhmään kuuluva Echovirus 1 on RNA-virus, jonka tiedetään infektoivan soluja ei-happamien endosomien välityksellä ja kerääntyvän neutraaleihin multivesikulaarisiin kappaleisiin. Tämän tutkimuksen alussa oli olemassa hyvin rajallisesti tietoa fysiologisista tekijöistä, jotka johtavat enterovirusten avautumiseen. Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää in vitro millainen yhdistelmä ioneja edistää echovirus 1:n avautumista fysiologisessa lämpötilassa. Päämääränä oli myös tutkia seerumin vaikutusta viruksen avautumiseen. Spektroskooppisissa mittauksissa käytettiin hyväksi SYBR Green II:n kykyä sitoutua viruksen RNA:han ja saada aikaan voimakasta fluoresenssia siinä tilanteessa, kun virus on avautunut vähän tai RNA on kokonaan vapautunut viruksen ulkopuolelle. Viruksen infektiivisyyttä erilaisten käsittelyjen jälkeen arvioitiin muun muassa sytopaattisen määrityksen avulla. Radioaktiivisesti leimatun viruksen avautumisen taso varmistettiin lopulta sakkaroosi- ja cesiumkloridigradienttierottelulla. Matala natriumpitoisuus yhdistettynä korkeaan kaliumpitoisuuteen edisti viruksen avautumista tämän tutkimuksen tulosten mukaan. Seerumilla havaittiin olevan myös viruspartikkelin avautumista ja genomin vapautumista edistävä vaikutus. Lisäksi tutkimuksessa tuli ilmi, että MgCl2 ja CaCl2 vakauttavat viruksen rakennetta. Tämä tutkimus paljasti uutta tietoa fysiologisista tekijöistä, jotka edistävät enterovirusten avautumista. Tutkimuksen tulosten pohjalta on mahdollista suunnitella uusia aihetta syventäviä jatkotutkimuksia.fi
dc.description.abstractEchovirus 1 (E1) belonging to the enterovirus B species is an RNA virus that enters non-acidic endosomes and accumulates in neutral multivesicular bodies. There was limited information about physiological triggers leading to uncoating of enteroviruses in the beginning of this study. The aim of this study was to evaluate in vitro what combinations of key ions promote uncoating of echovirus 1 at physiological temperature. Another aim of the study was to investigate the effect of serum on uncoating of the virus. Real-time fluorescence spectroscopy was used to measure the binding of SYBR Green II to viral RNA indicating the possible uncoating. End point dilution and cytopathic effect assay were performed to estimate viral infectivity after different treatments. Finally, sucrose and caesium chloride gradient separation of radioactively labeled virus was performed to confirm the state of uncoating. Low sodium concentration together with high potassium concentration induced the uncoating process according to our results. Addition of a small amount of serum enhanced the uncoating leading to the formation of the uncoating intermediate particle and genome egress. In addition, MgCl2 and CaCl2 prevented the uncoating process and, thus had a stabilizing effect in the assay. This study offered new information about molecular cues that trigger the uncoating under physiological conditions. Further studies can be designed based on these findings.en
dc.format.extent46
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.language.isoen
dc.subject.otherviral uncoating
dc.subject.othera-particle
dc.subject.otherechovirus 1
dc.subject.otherpotassium
dc.subject.otherRNA release
dc.subject.othersodium
dc.titleEndosomal ions and serum promote enterovirus uncoating
dc.identifier.urnURN:NBN:fi:jyu-202007025210
dc.type.ontasotPro gradu -tutkielmafi
dc.type.ontasotMaster’s thesisen
dc.contributor.tiedekuntaMatemaattis-luonnontieteellinen tiedekuntafi
dc.contributor.tiedekuntaFaculty of Sciencesen
dc.contributor.laitosBio- ja ympäristötieteiden laitosfi
dc.contributor.laitosDepartment of Biological and Environmental Scienceen
dc.contributor.yliopistoJyväskylän yliopistofi
dc.contributor.yliopistoUniversity of Jyväskyläen
dc.contributor.oppiaineSolu- ja molekyylibiologiafi
dc.contributor.oppiaineCell and molecular biologyen
dc.rights.copyrightJulkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.fi
dc.rights.copyrightThis publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.en
dc.type.publicationmasterThesis
dc.contributor.oppiainekoodi4013
dc.subject.ysovirukset
dc.subject.ysoenterovirukset
dc.subject.ysoinfektiot
dc.subject.ysoseerumi
dc.subject.ysoionit
dc.subject.ysovirologia
dc.subject.ysoviruses
dc.subject.ysoenteroviruses
dc.subject.ysoinfections
dc.subject.ysoserum
dc.subject.ysoions
dc.subject.ysovirology
dc.format.contentfulltext
dc.type.okmG2


Aineistoon kuuluvat tiedostot

Thumbnail

Aineisto kuuluu seuraaviin kokoelmiin

Näytä suppeat kuvailutiedot