Näytä suppeat kuvailutiedot

dc.contributor.advisorPentikäinen, Olli
dc.contributor.advisorNiinivehmas, Sanna
dc.contributor.authorKuusisto, Mira
dc.date.accessioned2016-06-20T07:00:52Z
dc.date.available2016-06-20T07:00:52Z
dc.date.issued2016
dc.identifier.otheroai:jykdok.linneanet.fi:1545458
dc.identifier.urihttps://jyx.jyu.fi/handle/123456789/50440
dc.description.abstractSytokromi P450 (CYP) -entsyymit ovat pääasiallisia katalyyttejä ihmisen vaiheen 1 vierasainemetaboliassa. CYP-välitteisen metabolian ennustaminen on tärkeä osa kemikaalien ja erityisesti lääkeaineiden kehitystä, sillä metabolian seurauksena vierasaine voi muuttua keholle haitalliseksi yhdisteeksi, tai lääkeaine voi menettää terapeuttisen vaikutuksensa liian nopean metabolian vuoksi. Tämän tutkimuksen tavoite oli kehittää tarkka, nopea ja aiempaa luotettavampi menetelmä CYP alatyypin 2A6 katalysoimien pienmolekyylien metaboliakohtien ennustukseen. Tavoitteen saavuttamiseksi tutkimuksessa kehitettiin uusia rakenne- ja ligandipohjaisia lähestymistapoja yhdistäviä menetelmiä CYP2A6-substraattien metaboliakohtien ennustukseen. Kehitettyjä menetelmiä vertailtiin erilaisiin ligandi- ja rakennepohjaisiin menetelmiin. Luotettavin kehitetty yhdistelmämenetelmä ennustaa CYP2A6-substraatille yhden metaboliakohdan 77 % todennäköisyydellä, mikä on 5 ja 12 prosenttiyksikköä korkeampi kuin parhailla testatuilla ligandi- tai rakennepohjaisilla menetelmillä yksinään. Metaboliakohdan lisäksi menetelmä ennustaa substraatin aktiivisen konformaation CYP2A6:n sitoutumistaskussa. Kehitetty menetelmä on mahdollista laajentaa myös muille CYP-alatyypeille pienillä parametrien muutoksilla. Malli voi tarjota arvokasta tietoa CYP-välitteisen metabolian mekanismeista ja rakenteellisesta perustasta. Menetelmää voidaan käyttää yhdessä muiden laskennallisten tai kokeellisten mallien kanssa kemikaalien tai lääkeainekandidaattien rakenteen optimointiin metabolian kannalta toivotumpaan suuntaan.fi
dc.description.abstractCytochrome P450 (CYP) enzymes are the main catalysts in human phase 1 metabolism of exogenous compounds such as drugs. Since metabolic reactions can result in toxic metabolites or poor bioavailability of drugs, prediction of CYP-mediated metabolism is an important field in drug and chemical development. The goal of this study was to develop an accurate and fast method with improved reliability for prediction of sites of metabolism of small molecules catalysed by CYP subtype 2A6. In order to achieve the goal, several new methods combining both ligand- and structure-based approaches were developed for prediction of sites of metabolism of CYP2A6 substrates. The new methods were compared to varying ligand- or structure-based methods. The most reliable one of the developed ligand- and structure-based methods predicts one site of metabolism for a CYP2A6 substrate with 77% probability, which is 5 and 12 percent units higher than with the best ligand- or structure-based methods alone. Not only does the new method predict the site of metabolism with considerable reliability, but also the active conformation of a substrate in the binding site of CYP2A6. With subtype-specific parametrization, the method is also expandable to other subtypes of CYP enzymes. The method may provide valuable information about the mechanisms and structural basis of CYP-mediated metabolism. The method can be used in combination with other computational or experimental approaches to optimize structures of environmental compounds or drug candidates towards more desirable metabolic profiles.en
dc.format.extent1 verkkoaineisto (46 sivua)
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.language.isofin
dc.rightsJulkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.fi
dc.rightsThis publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.en
dc.titleLuotettava laskennallinen menetelmä sytokromi P450 alatyypin 2A6 katalysoimien pienmolekyylien metaboliakohtien ennustukseen
dc.identifier.urnURN:NBN:fi:jyu-201606203212
dc.type.ontasotPro gradu -tutkielmafi
dc.type.ontasotMaster’s thesisen
dc.contributor.tiedekuntaMatemaattis-luonnontieteellinen tiedekuntafi
dc.contributor.tiedekuntaFaculty of Sciencesen
dc.contributor.laitosBio- ja ympäristötieteiden laitosfi
dc.contributor.laitosDepartment of Biological and Environmental Scienceen
dc.contributor.yliopistoUniversity of Jyväskyläen
dc.contributor.yliopistoJyväskylän yliopistofi
dc.contributor.oppiaineSolu- ja molekyylibiologiafi
dc.contributor.oppiaineCell and molecular biologyen
dc.date.updated2016-06-20T07:00:53Z
dc.rights.accesslevelrestrictedAccessfi
dc.type.publicationmasterThesis
dc.contributor.oppiainekoodi4013
dc.subject.ysosytokromit
dc.subject.ysoaineenvaihdunta
dc.subject.ysobiokemia
dc.format.contentfulltext
dc.rights.accessrightsAineistoon pääsyä on rajoitettu tekijänoikeussyistä. Aineisto on luettavissa Jyväskylän yliopiston kirjaston arkistotyöasemalta. Ks. https://kirjasto.jyu.fi/fi/tyoskentelytilat/laitteet-ja-tilat.fi
dc.rights.accessrightsThis material has a restricted access due to copyright reasons. It can be read at the workstation at Jyväskylä University Library reserved for the use of archival materials: https://kirjasto.jyu.fi/en/workspaces/facilities.en
dc.type.okmG2


Aineistoon kuuluvat tiedostot

Thumbnail

Aineisto kuuluu seuraaviin kokoelmiin

Näytä suppeat kuvailutiedot