Jyväskylän yliopisto | JYX-julkaisuarkisto

  • suomi  | Anna palautetta |
    • suomi
    • English
 
  • Kirjaudu
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.
Näytä aineisto 
  • JYX
  • Opinnäytteet
  • Pro gradu -tutkielmat
  • Näytä aineisto
JYX > Opinnäytteet > Pro gradu -tutkielmat > Näytä aineisto

Dielectrophoretic trapping of 3D-DNA origamis

Thumbnail
Katso/Avaa
2.6 Mb

Lataukset:  
Show download detailsHide download details  
Tekijät
Saastamoinen, Janne
Päivämäärä
2015
Oppiaine
FysiikkaPhysics

 
DNA-origamilla tarkoitetaan järjestelmää, jossa yksijuosteinen DNA-molekyyli on taiteltu tiettyyn ennaltamäärättyyn muotoon. Haluttua muotoa aproksimoidaan liitämällä yhteen samansuuntaisia DNA-kierteitä, joiden läpi kulkee koko rakenteen matkalta erillinen scaffoldjuoste. Tämä juoste luo lisää linkkejä kierteiden välille ja liittää niiden irtonaiset päät yhteen. Rakennetta koossapitävien liitosjuosteiden (staple strands) avulla scaffold-juosteen taittumista pystytään ohjaamaan ja luomaan vastakkaissuuntaisista DNA-kierteistä koostuva kaksiulotteinen origami. Kolmiulotteinen origami muodostetaan taivuttamalla edellämainittua litteää, kaksiulotteista origamia siten, että se muodostaa itsensä kanssa kennomaisen hilarakenteen, jota koossapitämään lisätään kierteiden välille liitosjuosteita. Tätä perusrakennetta muokkaamalla voidaan tämän jälkeen saada aikaan haluttu kolmiulotteinen muoto origamille. Origamien ja muiden DNA-rakenteiden suunnitteluun käytetään tähän tarkoitukseen varta vasten tehtyjä tietokoneohjelmia, jolloin pystytään helposti luomaan oikea sekvenssi juosteille. Dielektroforeesissa polarisoituva kappale, joka voi olla joko neutraali tai varattu, liikkuu epähomogeenisessa sähkökentässä. Kappaleen vastakkaisille pinnoille indusoituu tällöin sähkökentän vaikutuksesta positiivinen ja negatiivinen varausjakauma, jotka vuorovaikuttavat sähkökentän kanssa ja saavat aikaan Coulombin lain mukaisen voiman. Koska dielektroforeesissa käytettävä sähkökenttä on epähomogeeninen, nämä voimat ovat erisuuruisia ja siten nettovoima on nollasta poikkeava aiheuttaen kappaleen liikkeen. Dielektroforeesia voidaan käyttää ”vangitsemaan” näytteen partikkeleita elektrodien väliin. Tämä onnistuu lisäämällä elektrodien ympärille näytepartikkeleita sisältävää liuosta ja kytkemällä niiden välille sähkökenttä. DNA:n tapauksessa käytetyn sähkökentän tulee olla AC-kenttä, sillä molekyylin negatiivisesta varauksesta johtuen kaikki molekyylit liikkuisivat muutoin positiiviselle elektrodille sen sijaan, että ne sijoittautuisivat keskelle elektrodien välillä olevaa aukkoa. Jos näytteen permittiivisyys on sopiva, partikkelit liikkuvat kohti elektrodien välissä keskellä sijaitsevaa sähkökentän maksimia ja jäävät paikalleen. Dielektroforeettisen voiman lisäksi molekyylien liikkeeseen näyteliuoksessa vaikuttavat sekä termiset voimat että satunnainen Brownin liike, joka pahimmillaan voi jo itsessään olla dielektroforeettista voimaa suurempi ja estää vangitsemisen. Tästä johtuen on erityisen tärkeää, että vangittaville partikkeleille Brownin satunnaisvoima on tarpeeksi pieni ja että käytetty näyteliuos on johtavuusominaisuuksiltaan sopiva estääkseen lämpökonvektioiden vaikutukset vangitsemiseen. DNA-rakenteiden tapauksessa dielektroforeettista vangitsemista voidaan hyödyntää esimerkiksi mitattaessa DNA:n sähkönjohtavuutta, sillä tällä menetelmällä voidaan suhteellisen yksinkertaisesti eristää yksittäinen partikkeli tutkittavaksi. ...
Asiasanat
dielektroforeesi DNA DNA-origami
URI

http://urn.fi/URN:NBN:fi:jyu-201509012780

Metadata
Näytä kaikki kuvailutiedot
Kokoelmat
  • Pro gradu -tutkielmat [24542]

Samankaltainen aineisto

Näytetään aineistoja, joilla on samankaltainen nimeke tai asiasanat.

  • Conductivity measurements of DNA TX tile and origami structures 

    Paasonen, Seppo (2011)
    Tässä tutkielmassa on tutkittu kahden erilaisen itsejärjestyvän DNA-rakenteen sähkönjohtavuutta nanomittakaavassa. Ensimmäinen rakenteista on suorakaiteenmuotoinen kaksiulotteinen DNA-levy kooltaan noin 70×100 nm2 toisen ...
  • Applications of DNA self-assembled structures in nanoelectronics and plasmonics 

    Shen, Boxuan (University of Jyväskylä, 2018)
    In this thesis, the potential applications of DNA self-assembled structures were explored in both nanoelectronics and plasmonics. The works can be divided into two parts: electrical characterization of unmodified multilayered ...
  • Lääkkeiden kohdistaminen DNA-origameilla 

    Järvinen, Heini (2020)
    Tutkielmassa käsitellään lääkkeiden aktiivista kohdistamista ja kuljettamista DNA-origameja hyödyntävillä nanorakenteilla. DNA-nanoteknologia hyödyntää nanorakenteiden itsejärjestäytymistä kyetäkseen vaikuttamaan näissä ...
  • Nanodevices by DNA based gold nanostructures 

    Tapio, Kosti (University of Jyväskylä, 2017)
    In this thesis DNA based structures were utilized to create gold nanostructures for nanosensing and nanoelectronic applications. In the past, both of these fields have been dominated by the conventional lithography methods, ...
  • DNA-based applications in molecular electronics 

    Linko, Veikko (University of Jyväskylä, 2011)
    This thesis is mainly focused on DNA molecules and especially on self-assembled DNA constructs and their potential applications in nanotechnology and molecular electronics. In the field of molecular electronics the ...
  • Selaa aineistoja
  • Selaa aineistoja
  • Artikkelit
  • E-kirjat
  • Esitelmät ja posterit
  • Historialliset kartat
  • Julkaisusarjat
  • Konferenssit ja seminaarit
  • Lehdet
  • Opinnäytteet
  • Oppimateriaalit
  • Nuotit ja musiikki
  • Tutkimusdata
  • Tutkimusraportit
  • Valokuvat

Selaa

Kaikki aineistotKokoelmaluetteloJulkaisupäivätTekijätAsiasanatJulkaistuLaitosOppiaine

Omat tiedot

Kirjaudu sisään

Tilastot

Tarkastele käyttötilastoja
  • Kuinka julkaista JYXissä?
  • Rinnakkais­tallentaminen
  • Opinnäytteiden julkaisu
  • Väitöskirjojen julkaisu
  • Julkaisupalvelut

Avoin tiede JYU:ssa
 
Tietosuojailmoitus

Saavutettavuusseloste

Ellei toisin mainittu, julkisesti saatavilla olevia JYX-metatietoja (poislukien tiivistelmät) saa vapaasti uudelleenkäyttää CC0-lisenssillä.
Open Science Centre