Flavobakteereita infektoivan ssDNA-bakteriofagi V155:n karakterisointi

Abstract

ssDNA-bakteriofageja esiintyy ympäristössä huomattavasti enemmän, kuin mitä on aiemmin oletettu. Viime aikoina kehittyneet virusten laskentametodit ovatkin aiheuttaneet ainoan tunnetun ssDNA-faagiperheen, Microviridae:n, nopean kasvun ja monipuolistumisen. Täysin uusia ssDNA-faagiperheitä ei ole kuitenkaan löydetty. Tässä tutkielmassa karakterisoitiin Jyväsjärvestä eristettyä uutta ssDNA-bakteriofagi-V155:sta. Tavoitteena oli tutkia kyseisen faagin erityispiirteitä, sekä selvittää, kuuluuko se Microviridae-perheeseen. Metagenomianalyysien ansiosta ssDNA-faageja tiedetään esiintyvän runsaasti sisävesissä, mutta tämä on ensimmäinen kerta, kun järvestä eristettyä ssDNA-faagia kasvatetaan laboratorio-olosuhteissa sen morfologian, isäntäkirjon sekä elinkierron karakterisoimiseksi. Bakteriofagin genomi todettiin ssDNA:ksi nukleaasikäsittelyillä, ja sen proteiiniprofiilia sekä mahdollisia lipidirakenteita analysoitiin SDS-PAGE:lla. V155:n ja sen isäntien morfologiaa sekä faagi-isäntä-vuorovaikutuksia tarkasteltiin TEM-kuvantamisen avulla. Lisäksi faagin isäntäkirjoa sekä elinkiertoa tutkittiin infektiokokeilla sekä plakkianalyysillä. Bakteriofagin kapsidin havaittiin olevan ikosahedraalinen tunnettujen Microviridae-faagien tapaan, mutta TEM:n mukaan sen koko eroaa huomattavasti muiden Microviridae-faagien kapsideista. Kloroformitestin ja lipidivärjäyksen perusteella V155:ssä näyttäisi olevan lipidejä, mutta tämä täytyy vielä vahvistaa myös muilla kokeilla. Kalvorakenteiden löytyminen tekisi tutkitusta faagista ainutlaatuisen tunnettujen ssDNA-faagien joukossa. Isäntäkirjotestissä faagi kykeni infektoimaan kolmea eri Flavobacterium-kantaa. Tämä on ensimmäinen kerta, kun ssDNA-faagin on havaittu infektoivan kyseistä bakteerisukua. Lisäksi V155:n muodostamat plakit sekä ongelmat nestekasvatuksessa viittaavat faagin kykyyn siirtyä tarvittaessa lysogeeniseen elinkiertoon, mikä on melko harvinaista ssDNA-faagien keskuudessa. V155 osoittaa siis selviä samankaltaisuuksia Microviridae-perheeseen, mutta löydetyt eroavaisuudet viittaavat kuitenkin siihen, että tutkittu bakteriofagi kuuluu mitä todennäköisimmin uuteen Microviridae-alaperheeseen, ellei jopa täysin uuteen virusperheeseen. V155:n rakenne- sekä sekvenssitutkimusta tarvitaan vielä lisää faagin fylogenian selvittämiseksi.

Recently it has been revealed that the number of ssDNA-phages in the environment is much greater than previously expected. Improved viral counting methods have increased ssDNA-phage detections, resulting in the expansion of the only known ssDNA-phage family Microviridae. However, completely new ssDNA-phage families have not been found. In this study a new ssDNA-bacteriophage V155, previously isolated from the lake Jyväsjärvi, was characterized. The aim was to study the features of the phage and also find out if V155 belongs to the Microviridae-family. Numerous metagenomic analyses have revealed that ssDNA-phages are common in fresh waters. However, this is the first time that lake derived ssDNA-phage is cultivated in laboratory in order to characterize its morphology, host range and life cycle. The genome of the bacteriophage was confirmed to be ssDNA by various nuclease treatments, and its protein profile and the existence of lipid structures were analyzed in SDS-PAGE. The morphology of the phage and its hosts as well as the phage-host-interactions were researched using electron microscopy. In addition, the host range and the life cycle of the phage were studied using infection experiments and plaque analysis. It was revealed that the capsid of V155 is icosahedral in the same manner as in the other Microviridae. However, the capsid size greatly exceeds that of the known ssDNA-phages. According to the chloroform tests and lipid staining of the electrophoresis gel, the virion seems to contain lipids, yet further research is needed in order to confirm this. If membrane structures were found, it would make V155 unique within the known ssDNA-phages. In the host range experiments it was discovered that the phage is able to infect three different Flavobacterium strains. There are no other reports of Flavobacterium as a host species for Microviridae. Furthermore, the plaque morphology and the difficulties growing the phage in liquid culture indicate, that when needed, V155 is able to shift from lytic to lysogenic life cycle. This is relatively rare within the known ssDNA-phages. According to these results V155 has clear similarities to the Microviridae-family. Nevertheless, the differences revealed during the research make it plausible that this bacteriophage belongs to a new Microviridae-subfamily, or possibly even to a completely new viral family. More structure and sequence research is still needed in order to characterize the phylogeny of V155 comprehensively.