University of Jyväskylä | JYX Digital Repository

  • English  | Give feedback |
    • suomi
    • English
 
  • Login
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.
View Item 
  • JYX
  • Opinnäytteet
  • Pro gradu -tutkielmat
  • View Item
JYX > Opinnäytteet > Pro gradu -tutkielmat > View Item

Vierasmolekyylien sitoutumisen mallintaminen lipokaliiniproteiineissa

Thumbnail
View/Open
3.4 Mb

Downloads:  
Show download detailsHide download details  
Authors
Kalikka, Janne
Date
2008
Discipline
FysiikkaPhysics

 
Tässä työssä tutkittiin DigA16- ja 1KT7-proteiineja. Proteiineille suoritettiin klassisia MD-simulaatioita käyttämällä Orac4.0-ohjelmistoa. DigA16-proteiinin kokeellisesti mitattu rakenne täydennettiin tietokoneella ja kokonaisesta proteiinista simuloitiin kolmea eri rakennetta. 1KT7-proteiinin simulaation lähtörakenteena oli kokeellisesti mitattu rakenne, jota ei tarvinnut täydentää. Simulaatioita suoritettiin kutakin 10,751 nanosekunnin verran, joista 0,751 ns oli alustusta ja 10 ns simulointia 300 Kelvinissä. Tästä 10 ns vaiheesta kerättiin analysoitu data. Simulaation aikana kokonaisenergia kasvoi tasaisesti. Kasvu oli niin pientä, että sen voidaan katsoa johtuneen täysin MD-simulaatiossa kumuloituvasta pyöristysvirheestä. Tämä on tavallista MD-simulaatioille. Kahdesta DigA16-proteiinin simulaatioista löytyi pieni konformaatiomuutos, jonka aikaskaala on noin 2 ns. Tässä konformaatiomuutoksessa proteiinin aminohappoketjun pään 4-5 reunimmaista aminohappoa muuttavat selvästi asentoaan. Lisäksi tutkittiin miten DigA16-proteiinissa aminohappojen 42 ja 170 välillä olevan rikki-rikki-sidoksen puuttuminen vaikutti proteiinin käyttäytymiseen. Tuloksista voidaan päätellä, että rikki-rikki-sidoksen puuttuminen aiheuttaa loppupään hännän vaeltamisen kauemmas muusta proteiinista. Kuitenkin sidoksen puuttuminen aiheutti vain lokaaleja asennonmuutoksia proteiinin reunalla ja esimerkiksi proteiinin tunnusomaiseen β-tynnyriin sidoksen puuttuminen ei vaikuttanut. Edellä mainittu konformaatiomuutos tapahtui aminohappoketjun toisessa päässä, mutta kuitenkin muutos tapahtui vain niissä simulaatioissa, joissa rikki-rikki-sidos oli irti. Kahdessa simulaatiossa oli mukana vierasmolekyyli, joka oli proteiinin onkalossa. DigA16:n vierasmolekyylinä oli digoksigeniini ja 1KT7:n vierasmolekyylinä retinoli. Kumpikaan vierasmolekyyli ei kokenut asennonmuutosta. Pientä heilumista tapahtui, mutta tämä on tavallista simulaatioissa. DigA16:n hydrolisiä sivuryhmiä on lähellä digoksigeniiniä ja ne todennäköisesti muodostavat sen kanssa vetysidoksia. 1KT7 puolestaan pitää hydrofobisia fenyylirenkaita ja metyyliryhmiä retinolin lähellä, mikä oli odotettavissa. ...
Keywords
biofysiikka proteiinit simulointi
URI

http://urn.fi/URN:NBN:fi:jyu-201303251370

Metadata
Show full item record
Collections
  • Pro gradu -tutkielmat [23993]

Related items

Showing items with similar title or keywords.

  • Modeling of intracellular transport in realistic cell geometries 

    Aho, Vesa (University of Jyväskylä, 2018)
    The transport of molecules inside cells is a complex process, the characterization of which is important to gain full understanding of cellular processes. Understanding of intracellular transport is also important for ...
  • Predictive First-principles Modeling of a Photosynthetic Antenna Protein : The Fenna-Matthews-Olson Complex 

    Kim, Yongbin; Morozov, Dmitry; Stadnytskyi, Valentyn; Savikhin, Sergei; Slipchenko, Lyudmila (American Chemical Society, 2020)
    High efficiency of light harvesting in photosynthetic pigment-protein complexes is governed by evolutionary-perfected protein-assisted tuning of individual pigment properties and inter-pigment interactions. Due to the large ...
  • Kelluvuuden mallintaminen videopeleissä 

    Tenhunen, Juuso (2019)
    Nesteiden fysiikan ja kelluvuuden mallintaminen on laskennallisesti hyvin vaativaa. Kelluvuutta sovellettaessa videopelien ympäristöön vaaditaan simulaatiolta realistisuuden lisäksi reaaliaikaista suorituskykyä. Tämä ...
  • Kävelyn aikaisen mitatun lihasaktiivisuuden ja simuloidun lihasaktiivisuuden vertailu 

    Hägg, Lari (2021)
    Kävely on ihmiselle luonnollinen tapa liikkua ja sitä voidaan tutkia biomekaniikan menetelmin. Tietotekniikka on mahdollistanut ihmisen liikkumisen biomekaanisen mallinnuksen, jonka avulla voidaan laskennallisesti mallintaa ...
  • Thermal transport in PDMS microfluidics 

    Huikuri, Arttu (2021)
    Lämmön siirtymistä polydimetyylisiloksaanissa (PDMS), jota käytetään mikrofluidisten alustojen valmistuksessa, mallinnettiin elementtimallinnussimulaatioilla (FEM) ja simulaatioiden tuloksia verrattiin kokeellisiin tuloksiin, ...
  • Browse materials
  • Browse materials
  • Articles
  • Conferences and seminars
  • Electronic books
  • Historical maps
  • Journals
  • Tunes and musical notes
  • Photographs
  • Presentations and posters
  • Publication series
  • Research reports
  • Research data
  • Study materials
  • Theses

Browse

All of JYXCollection listBy Issue DateAuthorsSubjectsPublished inDepartmentDiscipline

My Account

Login

Statistics

View Usage Statistics
  • How to publish in JYX?
  • Self-archiving
  • Publish Your Thesis Online
  • Publishing Your Dissertation
  • Publication services

Open Science at the JYU
 
Data Protection Description

Accessibility Statement

Unless otherwise specified, publicly available JYX metadata (excluding abstracts) may be freely reused under the CC0 waiver.
Open Science Centre